PopLDdecay -InVCF ./outcome.vcf -MaxDist1000-OutType3-OutStatout 。 006、可视化 [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.vcfout.LD.gzout.stat.gz snp.bin snp.r [b20223040323@admin2 test5]$Plot_OnePop.pl-inFileout.stat.gz -bin110-bin2100-break100-output snpnulldevice1nulldevice1 。
PopLDdecay是一个快速进行连锁不平衡衰减分析的工具,只需输入vcf文件就可完成所有分析,计算速度非常快。 首先,我们需要安装PopLDdecay。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ## 下载 git clone https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.git ## 安装 cd PopLDdecay chmod 755 ./configure...
除了核心的LD衰减分析功能外,`PopLDdecay` 还提供了一些绘图脚本,帮助用户可视化结果。 首先将按品种分为map和ped的文件转成vcf,将各个品种的文件放在一个目录下,然后编写一个循环脚本,将该目录下的map和ped文件批量转为vcf文件,考虑染色体数量为29(按物种常然色体对数确定),并确保输出的VCF文件保存在名为"LD"的...
perl ./PopLDdecay/bin/Plot_OnePop.pl -inFile B220_LD.stat.gz -output B220_LD_plot 2 structure群体结构分析(这里是linux操作,主要是在snp量比较多时候,windows的界面版可能无法长时间运行) 2.1 利用plink按照LD衰减过滤vcf文件(每100kb保留50个snp,筛选标准是R2为0.2) plink --vcf B220_het6vcf.vcf ...