3. 单个品种的绘制LD图~/bin/PopLDdecay-InVCFfile.vcf-OutStatLDdecay ~/bin/Plot_OnePop.pl-inFileLDdecay.stat.gz--outputre1-bin110-bin2100 这里面,我用的是SNP数据位点较少,所以曲线不平滑,可以修改bin2=500,在进行绘图:~/bin/Plot_OnePop.pl-inFileLDdecay.stat.gz--outputre2-bin110-bin2500...
在上面的代码中,ld_data.csv应该包含至少两列:一列是SNP对之间的距离(Distance),另一列是它们之间的LD值(如r2r^2r2)。这个代码示例将读取数据,然后绘制一个散点图,并添加一条LOESS平滑曲线来展示LD随距离衰减的趋势。 请根据你的实际数据文件和列名调整代码中的文件路径和列名。
位点之间,也可以根据LD值进行可视化,以最显著的位点为四方形,其它位点与其LD值的大小呈现不同的颜色 软件介绍:(这两款神奇是一人开发,大神呀!) github链接:https://github.com/BGI-shenzhen/ A:整体上宏观上用:PopLDdecay 软件 ,软件己经生物信息Bioinformatics杂志发表online(见我的学习笔记:LD衰减图绘制--PopLD...
pos<-as.vector(unlist(SNPpos))## 设置热图颜色 color.rgb<-colorRampPalette(rev(c("white","red")),space="rgb")## 绘制连锁不平衡图LDheatmap(SNPdata,pos,color=color.rgb(20),flip=TRUE) 我们的连锁不平衡图画好啦! 但是图中方块间分割不是非常明显,我们可以输入下面的代码给方块之间加分割线。
绘制LD衰减图 之前使用popLDdeacy这个软件自动生成的图片不是特别好看,重新绘制了一下,记录一下。 popLDdeacy 生成的图片 在使用LDdecay计算LD 衰减的时候,会返回OUT.bin.gz,前两列为绘图所需的数据。 OUT.bin.gz 部分数据 使用系统函数绘制 # 我选用的LD衰减距离是r2 一半的时候的距离...
大家好,今天给大家分享一个软件(LDBlockShow)用来绘制LD单倍型块图。在文献中我们经常看到两类图会用到连锁不平衡,一类是LD衰减图,另一类就是LD单倍型块图。需要画LD衰减图的小伙伴可以参考LD连锁不平衡—PopLDdecay(https://www.jianshu.com/p/270583d77862),今天我们主要分享的是LD单倍型块图的做法。
LD图分为单个群体和多个群体的图,今天使用软件PopLDdecay来实现一下。这个软件需要Linux系统。 目标图: 1. 数据 基因型数据是vcf数据,plink格式的数据可以转化为vcf数据。 plink数据 vcf数据 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $ ls hebing.ped hebing.map ...
3. 单个品种的绘制LD图 ~/bin/PopLDdecay -InVCF file.vcf -OutStat LDdecay ~/bin/Plot_OnePop.pl -inFile LDdecay.stat.gz --output re1 -bin110-bin2100 这里面,我用的是SNP数据位点较少,所以曲线不平滑,可以修改bin2=500,在进行绘图:
LD图分为单个群体和多个群体的图,今天使用软件PopLDdecay来实现一下。这个软件需要Linux系统。 目标图: 1. 数据 基因型数据是vcf数据,plink格式的数据可以转化为vcf数据。 plink数据 vcf数据 $ ls hebing.ped hebing.map hebing.map hebing.ped 1. ...
上面是位点的曼哈顿图,是区域性的曼哈顿图 位点之间,也可以根据LD值进行可视化,以最显著的位点为四方形,其它位点与其LD值的大小呈现不同的颜色 软件介绍:(这两款神奇是一人开发,大神呀!) github链接:https:///BGI-shenzhen/ A:整体上宏观上用:PopLDdecay 软件 ,软件己经生物信息Bioinformatics杂志发表online ...