write_coeff命令把当前模拟中的立场参数提取出来,单独保存到文本文件。 语法比较简单,write_coeff后面加文件名即可: write_coeff polymer.coeff 1. 如果另写一个in文件继续模拟,可以直接用“include”命令把这个文件读入,不用再单独写力场参数。 用write_coeff命令会自动组合出各原子对之间的参数,如下图: 在此基础上...
图1. 模拟的结果示例，膜蛋白系统示例 所以，我们仅仅用了十几行代码就模拟了一个粗粒化的膜蛋白结构。那么这个标准化的文件是怎么得到的呢？那些pair coeff, bond coeff 之类的命令去了哪里？它们在开头的这三个文件里：system.in.init， system.data，和system.in.settings里。看到这里，可能有些朋友会问了，...
1.36 write_coeff命令 1.37 compute cluster/atom 团簇命令 1.38 compute ave/sphere/atom 温度云图 1.39 compute fragment/atom片段分析 1.40 delete_atoms(新版本)命令 1.41 msi2lmp不能用,mpi不能连接主机,解决办法看这里 1.42 常用的几种控温方式 1.43 fix ave/time命令 1.44 dump_modify使模拟图像更美观 1.45 ...
write_once("In Settings"){ pair_coeff @atom:M @atom:M 1 1 2.5 pair_coeff @atom:M @atom:G 1 1 2.5 pair_coeff @atom:M @atom:R 1 1 2.5 pair_coeff @atom:G @atom:G 1 1 2.5 pair_coeff @atom:G @atom:R 1 1 2.5 pair_coeff @atom:R @atom:R 1 1 2.5 } write_once("In ...
write_data FeNiCrCoCu_$a.data group ALL type 1 2 3 4 5 delete_atoms group ALL #为建立新模型调用shell脚本更换随机数 shell ./mseed.sh next a jump FeNiCrCoCu.in loop 通过运行该脚本，我们获得了1000个模型如图1所示。同时，通过共轭梯度和快速下降方法交替对每个模型进行优化，获得其结构优化的...
lammps基础建模流程 /基础建模命令/MD/分子动力学模拟 P4 - 12:26 通配符w使原子间相互作用。势函数名称注意不要写错。不同势函数类型,pair_coeff 原子的排列写法不同。具体要查询。 lammps基础建模流程 /基础建模命令/MD/分子动力学模拟 P4 - 14:26 write_data导出文件 ...
improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_ style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, pair_write,special_bonds Settings: communicate, dipole, group, mass, min_ modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep,
pair_coeff * * FeNiCrCoCu-with-ZBL.eam.alloy Fe Ni Cr Co Cu #选择文献提供的Fe Ni Cr Co Cu势函数[1] min_style cg #选用共轭梯度法对模拟盒子进行结构优化 minimize 1.0e-6 1.0e-7 10000 10000 #能量和力的容差为分别为1.0e-6 和1.0e-7,最大迭代次数为10000步 ...
力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, pair_write, special_bonds 设定指令:communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style...
体系模型建立部分有使用lammps内置命令和外部软件可视化建模两种方式。前者的建模过程较为抽象，后者的建模结果可视化，验证通过write_data命令保存模型数据文件，使用lammps运行in文件，并通过ovito软件观察模型。力场设置涉及力场类型和参数的指定，如pair_style、bond_style等，并使用相应的coeff命令设置参数。在...