根据定义的bond_style和bond type的个数来决定bond_coeff的内容和条数。具体书写时可查看手册中对应的bond_style的例子。 第十七条命令angle_coeff。根据定义的angle_style和angle type的个数来决定angle_coeff的内容和条数。具体书写时可查看手册中对应的angle_style的例子。 第十八条命令dihedral_coeff。根据定义的d...
pair_coeff 1 1 0.1553 3.166 #1=Ow,2=Hw pair_coeff 1 2 0.0 0.0 pair_coeff 2 2 0.0 0.0 bond_style harmonic bond_coeff 1 0.0 1.0 #1=Ow-Hw angle_style harmonic angle_coeff 1 0.0 109.47 #1=Hw-Ow-Hw group watergroup type 1 2 fix 1 watergroup shake 0.0001 20 0 b 1 a 1 mass 1...
力场系数由这些命令中设置:pair_coeff,bond_coeff,angle_coeff,dihedral_coeff,improper_coeff,kspace_style,special_bonds。 这些命令设置了各种模拟参数:neighbor,neigh_modify,group,timestep,reset_timestep,run_style,min_style,min_modify。 输出选项由thermo,dump和restart命令设置。 1.4 运行命令 使用run命令运行...
这里我们只讨论 LAMMPS 中实现的公式,这些公式对应于 CHARMM、AMBER、COMPASS 和 DREIDING 力场中常用的公式。设置系数可以通过 read_data 命令从输入数据文件中的特殊部分完成,也可以在输入脚本中使用 pair_coeff 和 bond_coeff 等命令完成。请参阅 Tools 文档页面,了解其他工具,这些工具可以使用 CHARMM、AMBER 或 Ma...
data文件中的pair_coeff只需写出同种原子之间的势参数,不同原子之间的势参数自动计算,之后的bond、angle同理。 7.2 in文件的写法 既然data文件已经自动设置cvff势,在in文件中只需写明势的类型即可,势的类型就是data中各种势“#”后面的名称。
bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style opls pair_style lj/cut 10.0225 read_data pe.data bond_coeff 1 317 1.53 bond_coeff 2 317 1.53 bond_coeff 3 317 1.53 angle_coeff 1 60 110 angle_coeff 2 60 110 angle_coeff 3 60 110 ...
那么这个标准化的文件是怎么得到的呢？那些pair coeff, bond coeff 之类的命令去了哪里？它们在开头的这三个文件里：system.in.init， system.data，和system.in.settings里。看到这里，可能有些朋友会问了，难道我们要手动把这些命令输入到这三个文件里面么？纯手动输入的和之前似乎没有什么太大的区别，也会有...
定义:pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_ coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_ bonds等。实际上力场系数也可以在关于体系的原子 坐标之类的信息的文件(data file)中制定,这样具 体参考read_data命令的相关介绍。 各种模拟参数可以由例如如下这样一些命令来 ...
“velocity”命令用于初始化原子的速度 。“fix shake”可用于约束分子内的键长 。“kspace_style”处理长程库仑相互作用 。“pair_coeff”为对势设置具体的参数 。“bond_coeff”为键相互作用设定参数 。 LAMMPS语法提供丰富指令助力分子动力学模拟 。 掌握其语法能实现复杂体系高精度的模拟研究 。
potential所选的参数。每一种pair potential需要的pair_coeff不一样，比如lennard jones势，pair_coeff...