这些精细的设置，将为我们后续的热导模拟提供坚实的理论基础和计算框架。1000.00 1.000angle_coeff 接下来，我们详细阐述了模拟中的其他关键参数。首先，我们确定了谐振式键风格的参数值，这是为了更真实地反映原子间的弹性行为。此外，键角风格的谐振式参数也被精心设定，以确保模拟能够准确捕捉键角的动态变化。最后...
pair_style和pair_coeff定义了短程相互作用,即相互作用具有截断半径。范德华仅有短程相互作用,而静电是既有短程又有长程作用,如果体系中有静电作用,那么定义完pair_style和pair_coeff,还要定义长程静电求解类型kspace_style。用在分子体系的键结相互作用分为键(bond),键角(angle),二面角(dihedral),离平面(improper)...
pair_coeff 1 1 0.1553 3.166 #1=Ow,2=Hw pair_coeff 1 2 0.0 0.0 pair_coeff 2 2 0.0 0.0 kspace_style pppm 1.0e-4 bond_style harmonic bond_coeff 1 0.0 1.0 #1=Ow-Hw angle_style harmonic angle_coeff 1 0.0 109.47 #1=Hw-Ow-Hw group watergroup type 1 2 fix 1 watergroup shake 0.0001...
potential所选的参数。每一种pair potential需要的pair_coeff不一样，比如lennard jones势，pair_coeff...
data文件中的pair_coeff只需写出同种原子之间的势参数,不同原子之间的势参数自动计算,之后的bond、angle同理。 7.2 in文件的写法 既然data文件已经自动设置cvff势,在in文件中只需写明势的类型即可,势的类型就是data中各种势“#”后面的名称。
16.bond_coeff命令。 17.angle_coeff命令。 18.dihedral_coeff命令。 19.improper_coeff命令。 20.持续更新 分子动力学的基本任务就是获得研究对象不同时刻的位置和动量,然后基于统计力学知识获得想要的物理量,解释对象的性质和行为。因此,分子动力学的模拟流程超级简单。
我们需要为LAMMPS输入一系列的原子类型,原子坐标,分子拓朴信息和所有原子与键的力场参数。LAMMPS不会自动的为我们创建分子体系与力场参数。对于原子体系,LAMMPS提供了creat-atoms命令来为固态晶格加上原子。可以通过pair coeff,bond coeff, angle coeff等命令来加上小数目的力场参数。
可以使用`pair_style`和`pair_coeff`命令来定义距离约束。 3. 角度约束(Angle Constraint):限制三个原子之间的夹角,使其保持在指定的范围内。可以使用`angle_style`和`angle_coeff`命令来定义角度约束。 4. 面心立方约束(FCC Constraint):将原子限制在面心立方结构的特定位置上,常用于晶体结构的模拟。可以使用`...
可以能过pair coeff,bond coeff, angle coeff等命来加上小数目的力场参数。对于分子体系或更复杂的模拟体系，我们通常会用其它工具来创建或者是转换LAMMPS输出文件来做到这些事情。有的还会写一些自已的代码来完成这项任务。对于一个复杂的分子体系（如，蛋白质），我们需要为之提供上面个拓朴信息与力场参数。所以我们...
力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, pair_write, special_bonds 设定指令:communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style...