pair_style和pair_coeff定义了短程相互作用,即相互作用具有截断半径。范德华仅有短程相互作用,而静电是既有短程又有长程作用,如果体系中有静电作用,那么定义完pair_style和pair_coeff,还要定义长程静电求解类型kspace_style。用在分子体系的键结相互作用分为键(bond),键角(angle),二面角(dihedral),离平面(improper)...
bond_coeff 1 232.5000 1.540000 bond_coeff 2 375.9001 1.100000 # -- harmonic angleType parameter -- angle_coeff 1 64.9001 111.510000 angle_coeff 2 46.8000 109.800000 angle_coeff 3 39.0000 107.580000 # -- fourier dihedralType parameter -- dihedral_coeff 1 1 0.080067 3 0.0000 dihedral_coeff 2 1 ...
力场系数由这些命令中设置:pair_coeff,bond_coeff,angle_coeff,dihedral_coeff,improper_coeff,kspace_style,special_bonds。 这些命令设置了各种模拟参数:neighbor,neigh_modify,group,timestep,reset_timestep,run_style,min_style,min_modify。 输出选项由thermo,dump和restart命令设置。 1.4 运行命令 使用run命令运行...
15.pair_coeff命令 16.bond_coeff命令。 17.angle_coeff命令。 18.dihedral_coeff命令。 19.improper_coeff命令。 20.持续更新 分子动力学的基本任务就是获得研究对象不同时刻的位置和动量,然后基于统计力学知识获得想要的物理量,解释对象的性质和行为。因此,分子动力学的模拟流程超级简单。 第一步,设置研究对象组成...
定义:pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_ coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_ bonds等。实际上力场系数也可以在关于体系的原子 坐标之类的信息的文件(data file)中制定,这样具 体参考read_data命令的相关介绍。 各种模拟参数可以由例如如下这样一些命令来 ...
potential所选的参数。每一种pair potential需要的pair_coeff不一样，比如lennard jones势，pair_coeff...
data文件中的pair_coeff只需写出同种原子之间的势参数,不同原子之间的势参数自动计算,之后的bond、angle同理。 7.2 in文件的写法 既然data文件已经自动设置cvff势,在in文件中只需写明势的类型即可,势的类型就是data中各种势“#”后面的名称。
可以使用`pair_style`和`pair_coeff`命令来定义距离约束。 3. 角度约束(Angle Constraint):限制三个原子之间的夹角,使其保持在指定的范围内。可以使用`angle_style`和`angle_coeff`命令来定义角度约束。 4. 面心立方约束(FCC Constraint):将原子限制在面心立方结构的特定位置上,常用于晶体结构的模拟。可以使用`...
可以通过pair_coeff命令指定相关的系数。 定义模拟过程中原子间键相互作用的类型。可以通过bond_coeff命令指定相关的系数。 定义模拟过程中原子键间角相互作用的类型。可以通过angle_coeff命令指定相关的系数。 定义一对或多对原子类型的成对力场系数。 定义一对或多对原子类型的成对力场系数。 定义一种或多种角度类型...
可以能过pair coeff,bond coeff, angle coeff等命来加上小数目的力场参数。对于分子体系或更复杂的模拟体系，我们通常会用其它工具来创建或者是转换LAMMPS输出文件来做到这些事情。有的还会写一些自已的代码来完成这项任务。对于一个复杂的分子体系（如，蛋白质），我们需要为之提供上面个拓朴信息与力场参数。所以我们...