范德华仅有短程相互作用,而静电是既有短程又有长程作用,如果体系中有静电作用,那么定义完pair_style和pair_coeff,还要定义长程静电求解类型kspace_style。用在分子体系的键结相互作用分为键(bond),键角(angle),二面角(dihedral),离平面(improper)。不同的对象会包含不同的键结作用,比如水分子就只包括键和键角,...
bond_coeff 2 375.9001 1.100000 # -- harmonic angleType parameter -- angle_coeff 1 64.9001 111.510000 angle_coeff 2 46.8000 109.800000 angle_coeff 3 39.0000 107.580000 # -- fourier dihedralType parameter -- dihedral_coeff 1 1 0.080067 3 0.0000 dihedral_coeff 2 1 0.119981 3 0.0000 dihedral_coeff...
可以通过bond_coeff命令指定相关的系数。 默认设置 bond_style none 2.9angle_style命令 使用语法 angle_style style style可取:none/hybrid/harmonic/mm3... 使用介绍 定义模拟过程中原子键间角相互作用的类型。可以通过angle_coeff命令指定相关的系数。 默认设置 angle_style none 2.10pair_coeff命令 使用语法 pair_c...
15.pair_coeff命令 16.bond_coeff命令。 17.angle_coeff命令。 18.dihedral_coeff命令。 19.improper_coeff命令。 20.持续更新 分子动力学的基本任务就是获得研究对象不同时刻的位置和动量,然后基于统计力学知识获得想要的物理量,解释对象的性质和行为。因此,分子动力学的模拟流程超级简单。 第一步,设置研究对象组成...
potential所选的参数。每一种pair potential需要的pair_coeff不一样，比如lennard jones势，pair_coeff...
data文件中的pair_coeff只需写出同种原子之间的势参数,不同原子之间的势参数自动计算,之后的bond、angle同理。 7.2 in文件的写法 既然data文件已经自动设置cvff势,在in文件中只需写明势的类型即可,势的类型就是data中各种势“#”后面的名称。
定义:pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_ coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_ bonds等。实际上力场系数也可以在关于体系的原子 坐标之类的信息的文件(data file)中制定,这样具 体参考read_data命令的相关介绍。 各种模拟参数可以由例如如下这样一些命令来 ...
可以能过pair coeff,bond coeff, angle coeff等命来加上小数目的力场参数。对于分子体系或更复杂的模拟体系，我们通常会用其它工具来创建或者是转换LAMMPS输出文件来做到这些事情。有的还会写一些自已的代码来完成这项任务。对于一个复杂的分子体系（如，蛋白质），我们需要为之提供上面个拓朴信息与力场参数。所以我们...
我们需要为LAMMPS输入一系列的原子类型,原子坐标,分子拓朴信息和所有原子与键的力场参数。LAMMPS不会自动的为我们创建分子体系与力场参数。对于原子体系,LAMMPS提供了creat-atoms命令来为固态晶格加上原子。可以通过pair coeff,bond coeff, angle coeff等命令来加上小数目的力场参数。
1. 固定约束(Fixed Constraint):将原子的位置固定在特定的坐标上,使其无法移动。可以通过设置原子的`fix`属性来实现。 2. 距离约束(Distance Constraint):限制两个或多个原子之间的距离,使它们保持在指定的范围内。可以使用`pair_style`和`pair_coeff`命令来定义距离约束。 3. 角度约束(Angle Constraint):限制三...