lattice在lammps以两种方式被应用,第一种是利用create_atoms命令在模拟框的晶格格点上创建原子,create_atom命令是给晶格格点上的基原子分配不同的原子类型;第二种是被create_box、region、velocity等命令用作距离单位。 lattice命令需要与模拟维度保持一致,style sc or bcc or fcc or hcp or diamond被用作3D问题,而...
一个in文件中可以有多个dump命令,但是dump命令的id不能重复。具体可输出的量可查阅手册的描述。常用的命令形式为 dump myDump all atom 100 dump.atom 第二十六条命令compute。compute是LAMMPS中极其重要的一类命令。当你需要计算某个量时你就可以考虑使用compute命令。LAMMPS提供了丰富的compute命令,具体使用时,根据你...
1. thermo命令 lammps提供了thermo命令实时把模拟结果信息输出到屏幕上,同时也会把信息存入到log文件,便于后期数据处理。 thermo命令语法格式: thermo N 1. N表示每隔N步在屏幕上输出默认信息。 thermo 50运行结果如下: 2. thermo_style命令 通常,thermo命令配合thermo_style使用。 thermo_style可以设...
例如,每100步在屏幕上输出步数(step)、稳定(temp)、压力(press)、势能(pe)、体积(vol),三个方向尺寸(lx ly lz)可以写为: thermo 100 thermo_style custom step temp press pe vol lx ly lz 1. 2. 显示结果如下: thermo命令不仅把数据显示到屏幕上,同时把显示数据保存到log.lammps中,便于后期进行数据处理。
thermo命令输出的值保存到log.lammps文件中,模拟完成后需要从这个文件中把需要的数据复制出来再进行绘图处理。 用的比较多的是thermo_style custom: thermo 50 #每隔50步输出数据 thermo_style custom step temp vol lx ly lz press epair evdwl ecoul elong ebond eangle pe ke etotal v_zLength ...
穿这个讨论,用户要注意他们可以添加自己的compute命令和fix命令,通过这些命令定义自己的输出。 Thermodynamic output 热力学输出的频率和格式是由thermo、thermo_style、thermo_modify命令设置 的。thermo_style命令也指定了哪些数值需要被计算输出。可以指定预先定义的变量(例如press、etotal等等)。还可以指定三类 ...
在LAMMPS中,可以使用`thermo`命令来输出各种热力学信息,包括原子的均方位移(MSD) 首先,你需要确保你的LAMMPS输入脚本中包含了`thermo`命令,并且设置了合适的输出频率。例如: 0 thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp ,你可以找到每一步的原子的位置信息。然后,你可以使用Python或其他语言...
总结: 在LAMMPS中,我们可以使用pair_style命令定义分子力场,使用group命令定义分子组,使用compute命令定义计算范德华和静电相互作用力,并使用variable和thermo_style命令输出力的数值。通过按照上述步骤,我们可以很容易地单独统计两个组之间的范德华相互作用力和静电相互作用力。©...
Thermo N每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者log文件Thermo_style! Thermo_style命令主要是用来说明采样的内容,即输出到屏幕或者LOG !II 文件中的内容。 (/doc/thermo_style.html )iiThermo_style style args; 一 ;II1I:!Style=one、multi、customii| Args=特定的参数列表|!One args=noneiMulti args=...
Thermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。 Thermo N 每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者log文件 Thermo_style: Thermo_style命令主要是用来说明采样的内容,即输出到屏幕或者LOG文件中的内容。(http://lammps.sandia.gov/doc/thermo_style.html) Thermo_style style args Style=one、multi、custom ...