minimize最小化采用的算法由min_style命令确定,min_style语法为: min_stylestylestyle=cgorhftnorsdorquickminorfireorfire/oldorspinorspin/cgorspin/lbfgs 最常用的为共轭梯度法(cg)、最速下降法(sd)。 3. 使用举例 min_stylecgminimize1.0e-41.0e-61001000 如果已经进行了最小化,但是后续驰豫仍然会报错,可查...
力或者能量已经降低到一个较低水平,或者力或能量还没有降低到一个低值,但设定的迭代步数已经用完,都会停止最小化。 2. min_style命令 minimize最小化采用的算法由min_style命令确定,min_style语法为: min_style style style = cg or hftn or sd or quickmin or fire or fire/old or spin or spin/cg o...
不用min_style算感觉计算起来很慢，找手册发现有min_style命令，好像是改变对势算法的，里面有多种模式...
Thermo 命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。 Thermo N 每隔N 个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者 log 文件 Thermo_style: Thermo_style 命令主要是用来说明采样的内容,即输出到屏幕或者 LOG 文件中的内容。(http://lammps.sandia.gov/doc/thermo_style.html) Thermo_style style args Style=one、multi...
minimize命令中的参数分别指定了能量和力的容差、最大迭代步数以及是否重置时间步长。 另外,LAMMPS还支持使用不同的优化算法进行能量最小化,如阻尼动力学算法(quickmin)和FIRE算法(fire)。这些算法可以通过min_style命令进行设置。例如: lammps min_style fire minimize 1.0e-6 1.0e-6 10000 10000 5. 检查能量最...
具体命令 min_style调用quickmin或fire,neb设置能量和力的容差以及初末状态 对于之前文章中处理NEB的脚本很多朋友留言后说不会使用或运行报错。为此笔者进行了改进,如下: #/bin/bash echo '#reaction_crodinate de' >>neb.txt echo '0 0' >>neb.txt E0=$(grep -A 3 'next-to-last' log.lammps.0| ta...
timestep, run_style, min_style, min_modify等。模拟过程 中通过compute, compute_modify, variable等...
min_style command最小化类型命令格式:min_style style * style = cg or cg/fr or sd 例子 min_style cgmin_style sd描述:选择一个最小化算法,为minimize命令的执行。 类型cg是共轭梯度算法(CG)的Polak_Ribiere(PR)版本) At each iteration在每个叠代中,the force gradient is combined with the previous ...
能量最小化要在温度初始化之前进行,min_style确定能量最小化类型,minimize命令设置相关参数。 (5)温度初始化 能量最小化之后,就可以进行温度初始化。体系的温度是根据原子的速度计算得到的,因此,温度初始化也就是对原子进行速度初始化。 使用velocity命令按照设定的规律随机设定原子速度,使体系温度设定为一个固定值。
min_style cg #选用共轭梯度法对模拟盒子进行结构优化 minimize 1.0e-6 1.0e-7 10000 10000 #能量和力的容差为分别为1.0e-6 和1.0e-7,最大迭代次数为10000步 run 0 #启动计算 min_style sd ##选用快速下降法对模拟盒子进行结构优化 minimize 1.0e-6 1.0e-7 10000 10000 ...