模拟信息的显示主要用到thermo、thermo_style、thermo_modify三个命令。 1. thermo命令 lammps提供了thermo命令实时把模拟结果信息输出到屏幕上,同时也会把信息存入到log文件,便于后期数据处理。 thermo命令语法格式: thermoN N表示每隔N步在屏幕上输出默认信息。 2.thermo_style命令 通常,thermo命令配合thermo_style使用。
(2)compute temp/com 该命令首先计算原子组质心的速度,在计算温度时,去除质心速度。 使用方法: computemyTempmobiletemp/com 重新计算温度后,可在thermo或者fix命令中使用新的命令,如用在nvt系综设置中: fix1flownvttemp3003000.1fix_modify1tempmyTemp 或者: thermo_modifytempmyTemp 温度修正命令不仅用到流体体系模...
模拟信息的显示主要用到thermo、thermo_style、thermo_modify三个命令。 1. thermo命令 lammps提供了thermo命令实时把模拟结果信息输出到屏幕上,同时也会把信息存入到log文件,便于后期数据处理。 thermo命令语法格式: thermo N 1. N表示每隔N步在屏幕上输出默认信息。 thermo 50运行结果如下: 2. thermo_...
(2)compute temp/com 该命令首先计算原子组质心的速度,在计算温度时,去除质心速度。 使用方法: computemyTempmobiletemp/com 1. 重新计算温度后,可在thermo或者fix命令中使用新的命令,如用在nvt系综设置中: fix1flownvttemp3003000.1 fix_modify1tempmyTemp 1. 2. 或者: thermo_modifytempmyTemp 1. 温度修正命...
thermo_modify temp temperature_fluid #固定薄膜 fix mysf1 membrane setforce000fix mysf2 piston_left setforceNULL00fix mysf3 piston_right setforceNULL00#两侧施加压力 variableFequal0.01fix myaf1 piston_left aveforce ${F}NULLNULLfix myaf2 piston_right aveforce-${F}NULLNULL#统计过滤后的溶质和溶剂原...
thermo命令输出的值保存到log.lammps文件中,模拟完成后需要从这个文件中把需要的数据复制出来再进行绘图处理。 用的比较多的是thermo_style custom: thermo 50 #每隔50步输出数据 thermo_style custom step temp vol lx ly lz press epair evdwl ecoul elong ebond eangle pe ke etotal v_zLength ...
Thermodynamic output 热力学输出的频率和格式是由thermo、thermo_style、thermo_modify命令设置 的。thermo_style命令也指定了哪些数值需要被计算输出。可以指定预先定义的变量(例如press、etotal等等)。还可以指定三类 keyword(c_ID、f_ID、 v_name),分别由compute、fix、variable命令提供相应的数据。以下依次讲述。
中通过compute, compute_modify, variable等一些命令来 制定。而输出选项可以由thermo, dump, restart等一些 命令来设置。 4. Run a simulation 通常run命令被设置在in文件的最后,使用run命 令来开始一个分子动力学模拟的过程。另外,使用 minimize命令来实施能量最小化计算。使用temper命 ...
其次，考虑扩展模拟箱以容纳所有原子，但这样做可能导致额外的错误。使用thermo_modify命令忽略丢失的原子，虽然可以避免错误，但模型的形状可能会变得不可预期，当损失的原子数量过多时，这可能不是理想选择。调整模型参数也是一种策略，通过这种方法可以减少原子丢失的可能。但需要注意，这并非万能解，需要...
Thermodynamic output热力学输出的频率和格式是由thermo、thermo_style、thermo_modify命令设置 的。thermo_style命令也指定了哪些数值需要被计算输出。可以指定预先定义的变量(例如press、etotal等等)。还可以指定三类 keyword(c_ID、f_ID、v_name),分别由compute、fix、variable命令提供相应的数据。以下依次讲述。 在LAMM...