10. Lost atoms: original 1344 current 1343 (../thermo.cpp:481) (1)模型设置不合理 原子挨得太近了,改模型,使用minimize优化一下 (2)模拟步长设置不合理 考虑是否是timestep设置过大,设置更小的步长试试。 当出现丢失原子错误提示时,添加thermo_modify lost ignore 命令可以关掉错误提示,使程序能够运行下去。
模拟信息的显示主要用到thermo、thermo_style、thermo_modify三个命令。 1. thermo命令 lammps提供了thermo命令实时把模拟结果信息输出到屏幕上,同时也会把信息存入到log文件,便于后期数据处理。 thermo命令语法格式: thermoN N表示每隔N步在屏幕上输出默认信息。 2.thermo_style命令 通常,thermo命令配合thermo_style使用。
模拟信息的显示主要用到thermo、thermo_style、thermo_modify三个命令。 1. thermo命令 lammps提供了thermo命令实时把模拟结果信息输出到屏幕上,同时也会把信息存入到log文件,便于后期数据处理。 thermo命令语法格式: thermo N 1. N表示每隔N步在屏幕上输出默认信息。 thermo 50运行结果如下: 2. thermo_...
1. 重新计算温度后,可在thermo或者fix命令中使用新的命令,如用在nvt系综设置中: fix1flownvttemp3003000.1 fix_modify1tempmyTemp 1. 2. 或者: thermo_modifytempmyTemp 1. 温度修正命令不仅用到流体体系模拟中,在剪切或者有固定边界层的体系中同样适用。 对温度进行修正计算后,模拟结果会更加准确。 如果在使用...
thermo_modify temp temperature_fluid #固定薄膜 fix mysf1 membrane setforce000fix mysf2 piston_left setforceNULL00fix mysf3 piston_right setforceNULL00#两侧施加压力 variableFequal0.01fix myaf1 piston_left aveforce ${F}NULLNULLfix myaf2 piston_right aveforce-${F}NULLNULL#统计过滤后的溶质和溶剂原...
Thermodynamic output 热力学输出的频率和格式是由thermo、thermo_style、thermo_modify命令设置 的。thermo_style命令也指定了哪些数值需要被计算输出。可以指定预先定义的变量(例如press、etotal等等)。还可以指定三类 keyword(c_ID、f_ID、 v_name),分别由compute、fix、variable命令提供相应的数据。以下依次讲述。
thermo_modify temp new3d #每次输出的温度按照new3d方案来 timestep 0.001 #时间步长0.001ps run 100 #弛豫100步 # shear 剪切 velocity upper set 1.0 0 0 #使顶板原子以1埃/ps的速度沿x正向运动 velocity mobile ramp vx 0.0 1.0 y 1.4 8.6 sum yes ...
原子的近邻原子数dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5# 将指定的各原子信息写入 dump.atom.timestep 0.005 # 步长 0.005fs#thermo_modify lost ignorerun 1 # 运行1 步 运行得到log文件 LAMMPS (26 Jan 2017-ICMS)OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 ...
Lammps计算输入文件 # run运行计算 timestep0.003 #时间间隔步 Thermo 200 #每200步输出热动力学统计量 thermo_modify temp new #计算温度通过new指示的方法计算 neigh_modify exclu 7、de type 2 3 #原子2,3之间作用取消(也就是通过不使他们在近邻表中出现实现) Dump 1 all atom 500 dump.crack #每隔500...
10 neigh_modify k 5、eyword values . 10 4. 输出 . 10 dump ID groupID bond/dcd/xtc/xyz/custom N file args . 10 dump_modify dumpID format/scale/image/flush/unwrap/every/precision/region/thresh values . 11 undump dumpID . 11 thermo_style one/multi/custom(args) . 11 thermo_modify ...