在老版本的lammps中,串行版可执行文件为lammps_serial.exe,并行版可执行文件为lmp_mpi.exe。 而在最新版本的lammps中,串行版和并行版的可执行文件统一改为lmp.exe。 如果安装最新版本的lammps,要按新命令格式输入。 串行版: lmp -in in.melt 并行版: mpiexec -np 4 lmp -in in.melt 另外,需要注意的是,-...
如打开lammps自带案例melt的in文件: 打开之后可以发现,lammps编辑界面非常清爽,不同的命令使用不同的颜色进行区分,类似vs code的效果。 这个界面的操作和记事本类似,可以任意添加和修改代码 写完in文件代码后,点击“Run”-“Run LAMMPS",可以直接启动运算,不需要输入lmp -in in.melt.lmp这些命令,非常的方便 启动运算...
使用LAMMPS运行上述in文件,可以通过命令行执行: bash lmp -in in.minimize 其中,in.minimize是上述in文件的名称。在minimize命令中,可以设置能量最小化的相关参数,如: 第一个参数是能量容差(energy tolerance),当能量变化小于此值时认为达到收敛。 第二个参数是力容差(force tolerance),当所有原子上的力都小于此...
lmp_mpi确实在src文件夹里，代码的格式也是lammps官网上给定的格式。目前网上也查不到类似的解决办法，求...
mpiexec -localonly 8 lmp -in in.file -pk omp 2 -sf omp 1. 设置的核数和线程数一定不要超过cpu的规格参数,例如8核的cpu设置16核的并行运算,运算速度可能会比8核更慢。 END 公众号案例代码以及学习交流,请加QQ群:754749935 关注微信公众号:lammps加油站。
7. 利用msi2lmp将MS里的模型转为LAMMPS可以识别的data文件 8. 如何书写LAMMPS in文件,运行MS转换得到的data模型文件? 9. Materials Studio建模总结 21 CHARMM-GUI、VMD、Packmol软件建模讲解 1. Charmm-GUI构建聚合物模型,嵌段聚合物等 2. LAMMPS in文件书写,运行Charmm-GUI得到的data模型 ...
首先，介绍Python串行运行LAMMPS。这与直接在终端运行`lmp -in in.lj`命令的输出完全一致。接下来，讨论Python并行运行LAMMPS。在导入`mpi4py`模块后，代码会自动初始化MPI环境，允许在Python脚本中直接使用MPI功能。确保在脚本末尾调用`MPI.Finalize()`来确保MPI环境正常关闭。通过在终端使用`mpirun`命令...
在你的命令中，你没有告诉lammps你的in文件的路径。这个路径可以是绝对路径，也可以是相对于lmp_mpi的...
LAMMPS运行和语法要点如下：运行LAMMPS：安装与配置：安装LAMMPS后，需在~/.bashrc中添加相应命令，使lmp命令可被使用。代码高亮与提示：通过安装VSCode插件“Lammps Syntax Highlighting”实现代码高亮，并在Settings中配置以优化代码提示功能，鼠标悬停即可显示帮助文档。运行方式：单核运行：使用in参数指定输入...
打算开个篇章,整理自己学习lammps时对一些inp文件的解读,分享出来帮助大家共同学习。 下例是lammps Benchmarks文件夹下in.lj.lmp输入文件的详细解读。 1.标题和注释 # 3d Lennard-Jones melt 这表明这是一个用于模拟三维Lennard-Jones 系统熔化的脚本。