#编译完成后会生成可执行文件,filename为可执行文件的名称。如lmp_mpi whereis lmp_mpi #查找可执行文件lmp_mpi的路径,该路径就是lammps的环境变量路径 sudo cp lmp_mpi /usr/local/bin #将src中生成的可执行文件lmp_mpi复制并覆盖到环境变量路径中(此处通过whereis查找得到路径为/usr/local/bin) #到此安包编...
进行lmp_mpi编译时出错,以下为报错信息: /usr/bin/ld: ./liblammps_mpi.a(pair_born_coul_dsf.o): in function `LAMMPS_NS::PairBornCoulDSF::single(int, int, int, int, double, double, double, double&)': /opt/lammps/lammps/src/Obj_mpi/../math_special.h:37: undefined reference to `LAM...
mpirun -np 6 lmp_mpi < melt.lmp 这个是6线程运算 mpirun -np 6 lmp_mpi -sf gpu -pk gpu 1 -in melt.lmp 这个是带GPU的6线程运算,目前个人测试自己的硬件下,自己的文件,3线程是速度最快的。请各位多线程用户在bios关闭超线程,应该更能加快计算速度。 两者的melt.lmp都是需要运行的in文件名,请替换...
这时你需要把lmp_mpi复制到一个文件夹里把要算的文件也复制到那个文件夹里 就可以输出log文件了 6. vmd安装(不是必须项,这是可视化软件。你可以选择安装。除此之外,还有其他的可视化软件) 只需要一路ok 运行点击你的菜单就可以了 这就是vmd的界面
安装与lammps有关的包。pip install lammps (pylammps, mpi4py, ovito)。 推荐使用镜像源。例如:pip install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 安装完成后,还不能调用lammps,需要进行一些设置。在cmd中进入python,导入lammps模块:from lammps import lammps,执行命令:lmp = lammps()会出现报错...
在运行LAMMPS之前,需要准备一个输入文件,该文件描述了模拟系统的几何形状、粒子类型和相互作用模型等信息。可以使用文本编辑器创建一个输入文件,并将其保存为一个具有.lmp扩展名的文件。 3. 运行LAMMPS 在终端中输入以下命令来运行LAMMPS: “` lmp_mpi -in input_file.lmp ...
1. “lmp_mpi”:这是在Linux终端上运行LAMMPS的命令。在终端中输入”lmp_mpi”,然后回车,LAMMPS就会开始运行。 2. “units”:用于设置模拟系统的单位制。可以使用不同的单位,如原子单位、普朗克单位等。例如,“units lj”将使用Lennard-Jones单位。 3. “atom_style”:用于设置原子模型的类型。LAMMPS提供了多种...
安装fftw；安装不添加任何包的并行lammps，生成lmp-mpi；安装lib包；修改gpu包中的Makefile.mpi，安装...
lmp -i 大概显示以下界面就成功了: 4.2 安装 进入~/soft/lammps-2Aug2023/src目录: cd~/soft/lammps-2Aug2023/src make yes-all# 安装所有包(都不大)make no-lib# 去掉需要其他依赖的库 , 如果你是gpu版本就不需要这个make package#查看一些别的package之类的 ...