#编译完成后会生成可执行文件,filename为可执行文件的名称。如lmp_mpi whereis lmp_mpi #查找可执行文件lmp_mpi的路径,该路径就是lammps的环境变量路径 sudo cp lmp_mpi /usr/local/bin #将src中生成的可执行文件lmp_mpi复制并覆盖到环境变量路径中(此处通过whereis查找得到路径为/usr/local/bin) #到此安包编...
进行lmp_mpi编译时出错,以下为报错信息: /usr/bin/ld: ./liblammps_mpi.a(pair_born_coul_dsf.o): in function `LAMMPS_NS::PairBornCoulDSF::single(int, int, int, int, double, double, double, double&)': /opt/lammps/lammps/src/Obj_mpi/../math_special.h:37: undefined reference to `LAM...
sudo cp /usr/local/cuda-10.0/lib64/libcudart.so.10.0 /usr/local/lib/libcudart.so.10.0 && sudo ldconfig 在/home/liu/lammps/创建文件夹bin,将刚刚在src文件夹中生成好的lmp_mpi文件复制到bin中官网一些其他的make的办法make yes-all # install all packages make no-all # check for changes and uni...
执行成功后就可以在当前目录下得到编译好的可执行文件 lmp，由于默认的编译选项不包含大部分的加速包，如：GPU、INTEL、KOKKOS、OPENMP 和 OPT，或者 KSPACE 等计算功能，或者有些额外的插件需要编译到 LAMMPS 中，就可以通过 CMake 的-D 选项来指定编译选项，例如：cmake\ -D BUILD_MPI=on\ -D PKG_MANYBODY=...
安装与lammps有关的包。pip install lammps (pylammps, mpi4py, ovito)。 推荐使用镜像源。例如:pip install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 安装完成后,还不能调用lammps,需要进行一些设置。在cmd中进入python,导入lammps模块:from lammps import lammps,执行命令:lmp = lammps()会出现报错...
在运行LAMMPS之前,需要准备一个输入文件,该文件描述了模拟系统的几何形状、粒子类型和相互作用模型等信息。可以使用文本编辑器创建一个输入文件,并将其保存为一个具有.lmp扩展名的文件。 3. 运行LAMMPS 在终端中输入以下命令来运行LAMMPS: “` lmp_mpi -in input_file.lmp ...
1. “lmp_mpi”:这是在Linux终端上运行LAMMPS的命令。在终端中输入”lmp_mpi”,然后回车,LAMMPS就会开始运行。 2. “units”:用于设置模拟系统的单位制。可以使用不同的单位,如原子单位、普朗克单位等。例如,“units lj”将使用Lennard-Jones单位。 3. “atom_style”:用于设置原子模型的类型。LAMMPS提供了多种...
使用了并行命令却没看到CPU核心占满:(相似问题包括:why physical processors only 1、processors 1 1 1、1 by 1 by 1)首先明确一点,只要编译时正确打开了-DBUILD_OMP -DBUILD_MPI,编译后的lmp可执行文件就一定是支持MPI、OpenMP并行功能的。剩下的就是执行命令与程序的问题。并行的执行命令不能含有重定位标识...
这时你需要把lmp_mpi复制到一个文件夹里把要算的文件也复制到那个文件夹里 就可以输出log文件了 6. vmd安装(不是必须项,这是可视化软件。你可以选择安装。除此之外,还有其他的可视化软件) 只需要一路ok 运行点击你的菜单就可以了 这就是vmd的界面
这样链接完毕后 lmp 命令就没问题了。但我稳妥起见,建议重新 cmake和编译,反正时间也不长。 安装LAMMPS的Python模块和mpi4py 不装Python模块的,跳过这一步。如果你是要装Python的,执行 make install-python 成功后,build 目录中多出 lammps-2023.8.2-cp311-cp311-linux_x86_64.whl。 如果我在cmake的时候指...