举例来说,通过交错地使用create_atoms命令和lattice命令(配置为不同晶向orientations),就可以创建晶界;联合使用create_atoms命令和delete_atoms命令,可以创建非常复杂的体系。 create_atoms命令也可以在已经读入的体系中继续创建原子。在所有列举的这些情况中,都需要注意不要让新创建的原子与已经存在的原子重叠。可以使用del...
create_atoms 1 region Cu_sphere 在圆锥内填充Fe原子,在圆柱内填充Cu原子 3.生成单个原子 create_atoms type single x y z create_atoms可以在指定的坐标点上生成单个原子 lattice fcc 2.86 region box block 0 20 0 20 0 20 create_box 1 box create_atoms 1 single 10 10 10 4.随机生成原子 create_a...
create_atoms1regionCu_sphere 1. 2. 3. 4. 5. 或者在圆锥内填充Fe原子,在圆柱内填充Cu原子,代码如下: #生成box regionboxblock-3030-3030060unitsbox create_box2box #圆柱Cu原子 latticefcc3.61 regioncucylinderz0015040unitsbox create_atoms1regioncu #圆锥Fe原子 latticefcc2.86 regionfeconez001504260unitsb...
在本例中，有两种晶格（Ni和石墨烯），所以用到两次lattice命令，需要注意的是，每次使用create_atoms命令填充原子之前，要确定最近的lattice命令是不是即将要填充的原子。大家可以测试以下两段代码，看看r1，r2内的晶格原子是否相同？#代码1：（1）lattice fcc 3.52（2）region r1 block 0 10 0 10 0 10...
create_box1box #生成Ni latticefcc3.52 create_atoms1box mass158.7 #输出数据 write_dataNi.xyz 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 生成的Ni.xyz拖入到Ovito中显示如下: 使用lammps自带的命令不仅能够生成单晶材料,也可以生成复合材料。
在LAMMPS中定义原子的方式有3种。通过read_data或read_restart命令从数据中读取它们或重新启动文件。这些文件可以包含分子拓扑信息。或使用以下命令在没有分子拓扑的晶格上创建原子:lattice,region,create_box,create_atoms。使用replicate命令可以复制整个原子集以进行更大的模拟 。
利用LAMMPS进行分子动力学模拟的主要命令可以分为五类,本文主要介绍了第一类“粒子与盒子建模”命令的使用方法,包括命令:units, atom_style, boundary, lattice, region, create_box, create_atom。 LAMMPS命令分类: 粒子与盒子建模 初始位置与速度 相互作用势函数 ...
create_box 5 box label loop variable a loop 1000 log log.$a create_atoms 1 box set type 1 type/ratio 2 0.2 12499 set type 1 type/ratio 3 0.5 12499 set type 1 type/ratio 4 0.5 12499 set type 3 type/ratio 5 0.5 12499 #设置原子质量 mass 1 55...
创建结构的命令不外乎lattice, create_box, create_atoms,这里只是强调在合金体系创建的应用。 先直接给出命令,如下: 具体说明: (1) lattice第一行为晶格矢量,其中$x为晶格矢量;第二行和第三行每一个basis对应原胞中的一个原子。对于B1结构,是包含8个原子,即4个Na,4个Cl。
–create_box:用于创建模拟系统的盒子。–create_atoms:用于在模拟系统中生成原子。–pair_style:用于选择力场模型。–pair_coeff:用于设置每个原子对的力场参数。–fix:用于对模拟系统的原子施加一定的约束。–run:用于运行模拟。 5. LAMMPS的输出和分析LAMMPS会输出模拟结果和统计数据,您可以将其保存到文件中,以便...