方法一:主要用到的命令有两个 create_atoms random delete_atoms overlap 方法二:采用升温再快速冷却,类似于熔化+淬火的过程实现非晶化,fix npt上降温,fix nvt弛豫 三,atomsk建立超胞后采用命令-disturb实现晶格点的原子排列变得无序化 例如将Cu_supercell.xsf或者lmp以及cfg后缀的超胞结构通过-disturb命令转化为非晶...
create_atoms有overlap关键字,可以检测重叠,如果重叠就不创建,可惜这个overlap关键字只能用于randomstyle的创建,singlestyle用不了overlap关键字。 于是我就想通过delete_atoms overlap删除原子,如果此命令执行完后,原子数量改变了,那就说明有原子坐标重叠,我的代码就有问题。 可惜,delete_atoms overlap要求必须先定义pair_...
通过write_datas输出文件到ovtio中进行观察。 2.2. 通过自己的需要,通过编程或者lammps中的create_atom进行掺杂 如:create_atoms 2 random 50 12345 NULL overlap 0.8 maxtry 50 表示在全体区域插入类型为2的原子50个,最小距离为0.8,如果是metal单位,即是0.08nm。而通过自定义编程能实现更多可能性。比如下面通过pyt...
delete_atoms overlap args = cutoff group1-ID group2-ID group1-ID、group2-ID为两个原子组,cutoff确定原子间距,间距在cutoff内并且分别处于两个组内的原子之一(group1-ID组)会被删除。 如: delete_atoms overlap 0.3 group1 group2 1. 3. 随机删除原子 按照一定比例随机删除原子,比如随机产生空位,语法为:...
2.2. 通过自己的需要,通过编程或者lammps中的create_atom进行掺杂 如:create_atoms2random5012345NULLoverlap0.8maxtry50 表示在全体区域插入类型为2的原子50个,最小距离为0.8,如果是metal单位,即是0.08nm。而通过自定义编程能实现更多可能性。比如下面通过python程序实现的在Ni原子0.2晶格距离处掺杂H原子。此时可以通过...
2.2. 通过自己的需要,通过编程或者lammps中的create_atom进行掺杂 如:create_atoms2random5012345NULLoverlap0.8maxtry50 表示在全体区域插入类型为2的原子50个,最小距离为0.8,如果是metal单位,即是0.08nm。而通过自定义编程能实现更多可能性。比如下面通过python程序实现的在Ni原子0.2晶格距离处掺杂H原子。此时可以通过...
if $d == 1 then "delete_atoms overlap ${overlapdist} lower upper"if $d == 2 then "delete...
6 create_box N regionID. 7 create_atoms type box/region/single args keyword values . 7 delete_atoms group/region/overlap/porosity args . 7 read_restart file/read_date file. 7 set atom/group/region ID keyword values . 8 displace_atoms groupID move/ramp/random args keyword 4、 value . ...
7 create_atoms type box/region/single args keyword values... 7 delete_atoms group/region/overlap/porosity args ... 7 read_restart file...
fix bug in GPU/CPU overlap in KOKKOS Must always return nfaces == 0 when there are fewer than 3 vertices for rounded polyhedrons in 3d fix atom map bug in fix pour and fix deposit fix bugs in argument parsing for fix ave/correlate and fix ave/correlate/long ...