换句话说,该命令可以多次使用,从而可以在模拟盒子中创建多组原子。举例来说,通过交错地使用create_atoms命令和lattice命令(配置为不同晶向orientations),就可以创建晶界;联合使用create_atoms命令和delete_atoms命令,可以创建非常复杂的体系。 create_atoms命令也可以在已经读入的体系中继续创建原子。在所有列举的这些情况中...
1. 在盒子box内填充原子 create_atoms type box box类型是最简单的一种用法,在模拟盒子内按照指定的晶格类型填充指定类型的原子,执行这句命令之前需要提前定义box和lattice。 create_atoms 1 box 命令执行结果如下图所示: 2.在指定区域(region)内填充原子 create_atoms type region region-ID 对于复杂结构体系或者...
1. 在盒子box内填充原子 create_atoms type box 1. box类型是最简单的一种用法,在模拟盒子内按照指定的晶格类型填充指定类型的原子,执行这句命令之前需要提前定义box和lattice。 create_atoms 1box 1. 命令执行结果如下图所示: 2.在指定区域(region)内填充原子 create_atoms type region region-ID 1. 对于复杂...
其实,lammps也可以进行分子建模,对于一些比较简单的分子模型,使用lammps建模也比较方便。 本文以水球模型为例,介绍lammps分子类结构建模方法。 lammps创建分子的原理是把分子当做一个原子添加到体系中,和添加原子的命令一样,也是create_atoms。 命令语法规则为: create_atoms mol template-ID seed mol:添加分子的关键词 ...
在本例中，有两种晶格（Ni和石墨烯），所以用到两次lattice命令，需要注意的是，每次使用create_atoms命令填充原子之前，要确定最近的lattice命令是不是即将要填充的原子。大家可以测试以下两段代码，看看r1，r2内的晶格原子是否相同？#代码1：（1）lattice fcc 3.52（2）region r1 block 0 10 0 10 0 10...
–create_atoms:用于在模拟系统中生成原子。 –pair_style:用于选择力场模型。 –pair_coeff:用于设置每个原子对的力场参数。 –fix:用于对模拟系统的原子施加一定的约束。 –run:用于运行模拟。 5. LAMMPS的输出和分析 LAMMPS会输出模拟结果和统计数据,您可以将其保存到文件中,以便进行后续的分析和可视化。在输入文...
create_atoms 1 box set type 1 type/ratio 2 0.2 12499 set type 1 type/ratio 3 0.5 12499 set type 1 type/ratio 4 0.5 12499 set type 3 type/ratio 5 0.5 12499 #设置原子质量 mass 1 55.8 #Fe mass 2 58.7 #Ni mass 3 52 #Cr mass 4 59 #Co mass...
利用LAMMPS进行分子动力学模拟的主要命令可以分为五类,本文主要介绍了第一类“粒子与盒子建模”命令的使用方法,包括命令:units, atom_style, boundary, lattice, region, create_box, create_atom。 LAMMPS命令分类: 粒子与盒子建模 初始位置与速度 相互作用势函数 ...
他太顺了我只能飞创建的收藏夹默认收藏夹内容:【LAMMPS入门】命令简介 8—create_atoms,如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
create_atoms1box#Plot IRIDIUMregion 1I1 block2523-0.50.5region 1I2 block3438-0.50.5region 1I3 block2589-0.50.5region 1I union31I1 1I2 1I3 region R1 block6729-0.50.5region R2 block71189-0.50.5region R3 block71167-0.50.5region R4 block101178-0.50.5region R5 block8956-0.50.5region R6...