1. 在盒子box内填充原子 create_atoms type box box类型是最简单的一种用法,在模拟盒子内按照指定的晶格类型填充指定类型的原子,执行这句命令之前需要提前定义box和lattice。 create_atoms 1 box 命令执行结果如下图所示: 2.在指定区域(region)内填充原子 create_atoms type region region-ID 对于复杂结构体系或者...
换句话说,该命令可以多次使用,从而可以在模拟盒子中创建多组原子。举例来说,通过交错地使用create_atoms命令和lattice命令(配置为不同晶向orientations),就可以创建晶界;联合使用create_atoms命令和delete_atoms命令,可以创建非常复杂的体系。 create_atoms命令也可以在已经读入的体系中继续创建原子。在所有列举的这些情况中...
1. 在盒子box内填充原子 create_atoms type box 1. box类型是最简单的一种用法,在模拟盒子内按照指定的晶格类型填充指定类型的原子,执行这句命令之前需要提前定义box和lattice。 create_atoms 1box 1. 命令执行结果如下图所示: 2.在指定区域(region)内填充原子 create_atoms type region region-ID 1. 对于复杂...
其实,lammps也可以进行分子建模,对于一些比较简单的分子模型,使用lammps建模也比较方便。 本文以水球模型为例,介绍lammps分子类结构建模方法。 lammps创建分子的原理是把分子当做一个原子添加到体系中,和添加原子的命令一样,也是create_atoms。 命令语法规则为: create_atoms mol template-ID seed mol:添加分子的关键词 ...
在LAMMPS中定义原子的方式有3种。通过read_data或read_restart命令从数据中读取它们或重新启动文件。这些文件可以包含分子拓扑信息。或使用以下命令在没有分子拓扑的晶格上创建原子:lattice,region,create_box,create_atoms。使用replicate命令可以复制整个原子集以进行更大的模拟 。
创建结构的命令不外乎lattice, create_box, create_atoms,这里只是强调在合金体系创建的应用。 先直接给出命令,如下: 具体说明: (1) lattice第一行为晶格矢量,其中$x为晶格矢量;第二行和第三行每一个basis对应原胞中的一个原子。对于B1结构,是包含8个原子,即4个Na,4个Cl。
在本例中，有两种晶格（Ni和石墨烯），所以用到两次lattice命令，需要注意的是，每次使用create_atoms命令填充原子之前，要确定最近的lattice命令是不是即将要填充的原子。大家可以测试以下两段代码，看看r1，r2内的晶格原子是否相同？#代码1：（1）lattice fcc 3.52（2）region r1 block 0 10 0 10 0 10...
(命令:read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate) 从文件中读入各个原子的坐标 在一个或多个晶格中创建原子 删除几何或逻辑原子基团 复制已存在的原子多次 替换原子 系综,约束条件,边界条件: (命令:fix) 二维和三维体系 ...
在Lammps分子动力学模拟计算中,首先要做的就是构建计算模型,而构建计算模型通常有两种方法 1. 借助外部建模软件。如常见的Material Studio、Packmol等外部建模工具,其优点是可见度高,所见即所得,并且方便原子建模时的微操。 2. 使用Lammps自带命令。如lattice、 region、group、create_atoms、delete_atoms等命令,通过巧...
最后,使用“create_atoms”命令创建原子。 势能文件包含了模拟所需的势能参数,用于计算原子之间的相互作用力。常用的势能函数包括Lennard-Jones势和EAM势。势能文件的格式可以根据不同的势能函数来定制。 第二步:定义晶格结构和晶粒方向 在生成多晶结构之前,我们需要先定义一个晶格结构和晶粒方向。晶格结构可以通过指定...