KEGG_result<- mutate(KEGG_result, RichFactor= Count / as.numeric(sub("/\\d+","", BgRatio))) ##计算Fold Enrichment(富集倍数): KEGG_result$FoldEnrichment <- apply(KEGG_result,1,function(x){ GeneRatio<- eval(parse(text = x["GeneRatio"])) BgRatio<- eval(parse(text = x["BgRatio"]...
#计算Rich Factor(富集因子): KEGG_diff2 <- mutate(KEGG_diff, RichFactor = Count / as.numeric(sub("/\\d+", "", BgRatio))) #计算Fold Enrichment(富集倍数): KEGG_diff2 <- mutate(KEGG_diff2, FoldEnrichment = parse_ratio(GeneRatio) / parse_ratio(BgRatio)) KEGG_diff2@result$RichFactor...
高级气泡图 可以对数据库富集的通路进行可视化,是富集常用的可视化图形之一,一般我们会挑选显著分析的前20左右的 pathway/term进行展示,这里以GO富集气泡图为例。 X轴:RichFactor,富集因子,是指前景基因集中属于这个term的基因的数量/背景基因集中富集在这个term中所有基因的数量; Y轴:GO term名称; 气泡颜色:Q值(也...
KOBAS网页工具分析的条目里没有Rich factor这一项,所以我们需要在数据框里面加入Rich factor这一列,Rich Factor的计算方式为差异表达的基因中位于该 pathway 条目的基因数目与所有有注释基因中位于该 pathway 条目的基因总数的比值。 pathway Input.number/pathway$Background.number #添加richFactor列 kegg<-pathway[1:2...
KEGG通路富集分析richfactor计算产地:中国北京; 品牌:百泰派克 发布时间:2023年04月 北京百泰派克生物科技有限公司 黄金会员 进入商铺 全部产品 推荐产品 整体实验技术外包-DIA定量蛋白质组学-技术服务 SWATH定量蛋白组学服务 整体实验技术外包-基于Label Free的定量蛋白组分析-技术服务 整体实验技术外包-定量蛋白...
注:横坐标表示每个通路对应的Rich factor,纵坐标为通路名称,点的颜色为P-Value,越红表示富集越显著。点的大小代表富集到的差异代谢物的个数多少。 至此,我们就可以自行画气泡图,或者也可以利用我们公司的云平台工具直接画气泡图,下一期我们将分享R语言热图绘制,敬请期待~ ...
go_enrichment<-read.table("A_Pathway 富集.txt",header=TRUE,sep="\t")# 文件需要Term、BgRatio、RichRatio、RichFactor、pvalue、padj_Value,通常公司会提供RichRatio,RichFactor需要自己计算 r2<-go_data%>%filter(P.value<=0.05)#根据pvalue进行筛选 ...
library(dplyr) #计算Rich Factor（富集因子）： Enrichment_KEGG2 <- mutate(Enrichment_KEGG, Ric...
x轴是一个比值（Rich Factor/GeneRatio/ （GeneRatio / BgRatio ））或者差异表达倍数，值越大，富集到该通路的差异代谢物/蛋白质/基因富集程度越高。Y轴表示富集出来的GO或者通路名称，挑选富集通路前20或30的通路来绘图；点的大小表示Gene数目，点越大，表示富集到该通路的基因越多；颜色代表P值的高低，-log10...