关于富集圈图,由外向内,第1圈为GO id(或pathway id)标签,第2圈的条形长度对应背景基因数,颜色的深浅对应显著程度,即Pvalue(或Qvalue);第3圈对应目的基因数;第4圈(极坐标柱状图)为富集因子(Rich factor)。 数据整理 01 使用工具自带的背景基因文件 如果你的数据源于常见的模式物种,比如人、水稻、拟南芥、小鼠...
Enrichment_KEGG <- setReadable(Enrichment_KEGG,OrgDb = org.Hs.eg.db,keyType = "ENTREZID") #计算Rich Factor(富集因子): Enrichment_KEGG2 <- mutate(Enrichment_KEGG, RichFactor = Count / as.numeric(sub("/\\d+", "", BgRatio))) #计算Fold Enrichment(富集倍数): Enrichment_KEGG2 <- mutate...
显著性气泡图 这里罗列了显著富集的前20条pathway,颜色代表p值,柱状长短(气泡大小)代表富集到此通路基因的数量,横坐标RichFactor代表差异表达的基因中位于该pathway条目的基因数目与所有注释基因中位于该pathway条目的基因总数的比值,比值越大,富集程度则越大。 怎么样,看到这里是不是对这高大上的气泡图很心动?话不...
高级气泡图 可以对数据库富集的通路进行可视化,是富集常用的可视化图形之一,一般我们会挑选显著分析的前20左右的 pathway/term进行展示,这里以GO富集气泡图为例。 X轴:RichFactor,富集因子,是指前景基因集中属于这个term的基因的数量/背景基因集中富集在这个term中所有基因的数量; Y轴:GO term名称; 气泡颜色:Q值(也...
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term...
北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd.简称BTP)从事以生物质谱为依托的生物药物表征,大分子物质(包括蛋白质、多肽、代谢物)质谱分析以及小分子物质检测服务。公司采用ISO9001质量控制体系,专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务,业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药...
head(KEGG_result$RichFactor) head(KEGG_result$FoldEnrichment) colnames(KEGG_result) #提取结果前Top20绘图(或自定义所需pathway绘图): top20<- KEGG_result[1:20,] #指定绘图顺序(转换为因子): top20$pathway <- factor(top20$Deion,levels = rev(top20$Deion)) ...
注:横坐标表示每个通路对应的Rich factor,纵坐标为通路名称,点的颜色为P-Value,越红表示富集越显著。点的大小代表富集到的差异代谢物的个数多少。 至此,我们就可以自行画气泡图,或者也可以利用我们公司的云平台工具直接画气泡图,下一期我们将分享R语言热图绘制,敬请期待~ ...
散点图是 KEGG 富集分析结果的图形化展示方式。在此图中，KEGG 富集程度通过 rich factor, qvalue 和富集到此通路上的基因个数来衡量。其中 rich factor 指差异表达的基因中位于该 pathway 条目的基因数目与所有有注释基因中位于该 pathway 条目的基因总数的比值。Rich factor越大，表示富集的程度越大...
富集结果可以用气泡图、柱形图、聚类图、网络图等多种方式呈现。纵坐标表示pathway名称,横坐标表示pathway对应的Pvalue值。Rich factor的大小用点的颜色来表示,值越大则颜色越接近红色,每个pathway下包含的差异基因的个数用散点的大小来表示。根据实际需求进行调整,以最直观的方式展示结果。0 0 发表评论 发表 作者...