KEGG_result<- mutate(KEGG_result, RichFactor= Count / as.numeric(sub("/\\d+","", BgRatio))) ##计算Fold Enrichment(富集倍数): KEGG_result$FoldEnrichment <- apply(KEGG_result,1,function(x){ GeneRatio<- eval(parse(text = x["GeneRatio"])) BgRatio<- eval(parse(text = x["BgRatio"]...
高级气泡图 可以对数据库富集的通路进行可视化,是富集常用的可视化图形之一,一般我们会挑选显著分析的前20左右的 pathway/term进行展示,这里以GO富集气泡图为例。 X轴:RichFactor,富集因子,是指前景基因集中属于这个term的基因的数量/背景基因集中富集在这个term中所有基因的数量; Y轴:GO term名称; 气泡颜色:Q值(也...
#计算Rich Factor(富集因子): KEGG_diff2 <- mutate(KEGG_diff, RichFactor = Count / as.numeric(sub("/\\d+", "", BgRatio))) #计算Fold Enrichment(富集倍数): KEGG_diff2 <- mutate(KEGG_diff2, FoldEnrichment = parse_ratio(GeneRatio) / parse_ratio(BgRatio)) KEGG_diff2@result$RichFactor...
KOBAS网页工具分析的条目里没有Rich factor这一项,所以我们需要在数据框里面加入Rich factor这一列,Rich Factor的计算方式为差异表达的基因中位于该 pathway 条目的基因数目与所有有注释基因中位于该 pathway 条目的基因总数的比值。 pathway Input.number/pathway$Background.number #添加richFactor列 kegg<-pathway[1:2...
OrgDb = org.Hs.eg.db,keyType = "ENTREZID") #计算Rich Factor（富集因子）： Enrichment_KEGG2 ...
KEGG通路富集分析richfactor计算产地:中国北京; 品牌:百泰派克 发布时间:2023年04月 北京百泰派克生物科技有限公司 黄金会员 进入商铺 全部产品 推荐产品 整体实验技术外包-DIA定量蛋白质组学-技术服务 SWATH定量蛋白组学服务 整体实验技术外包-基于Label Free的定量蛋白组分析-技术服务 整体实验技术外包-定量蛋白...
library(dplyr) #计算Rich Factor（富集因子）： Enrichment_KEGG2 <- mutate(Enrichment_KEGG, Ric...
x轴是一个比值（Rich Factor/GeneRatio/ （GeneRatio / BgRatio ））或者差异表达倍数，值越大，富集到该通路的差异代谢物/蛋白质/基因富集程度越高。Y轴表示富集出来的GO或者通路名称，挑选富集通路前20或30的通路来绘图；点的大小表示Gene数目，点越大，表示富集到该通路的基因越多；颜色代表P值的高低，-log10...
rich factor是富集因子。是指在这个term的基因的数量(count)/富集在这个term中所有基因的数量(Tist total)。而gene radio是这个term的基因数量(count)/参与富集的所有交集基因。两者分母不一样,前者范围更小些,要求是term参与的基因才行。个人看法选取看需求,没有说那个更好,因为它们反应的信息是不同的。 2022-12...
输入数据格式 pathway = read.table("kegg.result",header=T,sep="\t") pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway)) #Pathwy是ID,richFactor是富集的基因数目除以背景的基因数目 # 改变点的大小 pp + geom_point(aes(size=R0vsR3)) # 以基因的数目表示点大小 pbubble = pp + geom_point(aes(siz ...