注：展示在任一组学中显著富集的通路，图中每个图形为一个KEGG 通路，纵坐标文字表示KEGG 通路名称。横坐标表示为富集率，计算公式如下：（Enrich_factor=GeneRatio/BgRatio）；图形越大表示差异表达基因的数目越多；颜色表示富集的显著性即P value，颜色越红表示该通路越显著富集，右侧颜色梯度表示P value大小,形状表...
(Enrichment_KEGG,OrgDb = org.Hs.eg.db,keyType = "ENTREZID") #计算Rich Factor(富集因子): Enrichment_KEGG2 <- mutate(Enrichment_KEGG, RichFactor = Count / as.numeric(sub("/\\d+", "", BgRatio))) #计算Fold Enrichment(富集倍数): Enrichment_KEGG2 <- mutate(Enrichment_KEGG2, Fold...
enrichplot::cnetplot(KEGG,circular=FALSE,colorEdge = TRUE)#circluar为指定是否环化,基因过多时建议设置为FALSE Connection between genes and functions from GO Connection between genes and pathways from KEGG 也可以以热图形式展现关联关系: enrichplot::heatplot(GO,showCategory = 50)#基因-通路关联热图 enri...
工具链接: https://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html 点选择文件按钮,分别上传准备好的目的基因和背景基因文件(可下载示例文件用作练习),我的目的基因文件包含差异信息,因此,是否包含log2FC列选“包含”;背景基因类型我这里选KO,如果你制作的背景基因文件的第2列是NCBI的gene id,则需要选ncbi-i...
enrich_factor定义=(某个term中的差异基因数目/总的差异基因数目)/(数据库 term中总的基因数目/数据库中总的基因数目) 字段说明: ID对应PATHWAY数据库中的ID DescriptionPATHWAY的描述 GeneRatio 对应PATHWAY差异基因数/能够对应到 PATHWAY数据库中的差异基因数 ...
kegg<- read.csv('enrichdt.csv',header = T) head(kegg) ##桑基图数据: sankey<- read.csv('sankeydt.csv',header = T) head(sankey) 1. 富集气泡图绘制 #如果我们按照以往常规的绘制方法: #指定绘图顺序(转换为因子): kegg$pathNames <- factor(kegg$pathNames,levels = rev(kegg$pathNames)) ...
可修改fun = enrichKEGG 为KEGG分析 Chapter 14 Biological theme comparison | Biomedical Knowledge Mining using GOSemSim and clusterProfiler (yulab-smu.top) 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ### step2:富集分析 ### library(clusterProfiler) xx <- compareCluster(total, fun="enrich...
接下来，enrichplot包就像一位精细的艺术家，能绘制出吸引眼球的barplot和dotplot，而ggplot2则负责将这些图形提升到艺术的高度，赋予它们独特的美学。在探索数据之美时，Enrichment Factor或Fold Enrichment是常用的视觉元素。计算公式简单明了：GeneRatio除以BgRatio，GeneRatio是富集基因数与输入基因总数的比值...
diff.kk<-enrichKEGG(gene=diff_geneList,organism='ath',pvalueCutoff=0.99,qvalueCutoff=0.99)kegg_diff_dt<-as.data.frame(setReadable(diff.kk,org.At.tair.db,keytype='TAIR'))up.kk<-enrichKEGG(gene=up_geneList,organism='ath',pvalueCutoff=0.99,qvalueCutoff=0.99)kegg_up_dt<-as.data.frame(...
R语言KEGG信号通路富集分析的答案如下：1. 使用enrichplot包进行绘图： 柱状图：可以直观地展示KEGG富集情况，通过调整参数可以生成pdf格式的图表，便于后续分析和报告。 点状图：提供与柱状图类似的信息，进一步辅助理解基因与信号通路的关联。 网络图：展示基因在通路中的相互作用和重要性，可以根据基因的log...