可以发现,geneID这一列是数字,如果做弦图展示基因和通路,这就很难受,显示的基因不是名称而是数字。 秉承发现问题解决问题,在网上搜索,参考两篇比较有意义的帖子,附在文末。 这里也给出我的解决方案,谢谢上述帖子作者的无私 #将ENTREZID转化为可读的gene symbol(这个就是解决方案) eKEGG <- setReadable(ekegg, ...
首先需要访问KEGG的官网,获取其hsa编号,如PI3K-Akt signaling pathway对应hsa04151. 访问如下网址(更改对应物种、编号即可),这将返回该通路涉及的所有人类基因(hsaXXXXX)。KEGGhsa:XXXXX这个编号通常是NCBI Entrez Gene ID,即NCBI 基因数据库中的唯一基因编号。将网页内容复制到本地。再将Entrez Gene ID转化成基因名...
df<-bitr(unique(deg$name),fromType="SYMBOL",toType=c("ENTREZID"),OrgDb=org.Hs.eg.db)# 富集 kk<-enrichKEGG(gene=df$ENTREZID,organism='hsa',pvalueCutoff=0.9,qvalueCutoff=0.9)kk<-DOSE::setReadable(kk,OrgDb='org.Hs.eg.db',keyType='ENTREZID')#按需替换barplot(kk)head(kk)[,1:6] ...
data.frame('ENTREZID'=ENTREZID_within_a_set, stringsAsFactors = F), by='ENTREZID')[,c('gene_name','lFC')] symbols_within_a_set <- symbols_within_a_set[order(symbols_within_a_set$lFC, decreasing = T),] sub_
gene_down=rownames(need_DEG[with(need_DEG,log2FoldChange < -log2FC_cutoff & pvalue<pvalue_cutoff & padj<padj_cutoff),]) 2. 转化基因名为entrez ID 在进行差异基因富集分析前,需要先将基因名为entrez ID。 转化ID前要载入org.Hs.eg.db\org.Mm.eg.db,其包含着各大主流数据库的数据,如entrez ...
◉ 功能富集分析的重要性 为了更好地对基因进行功能分类，科学家们创建了诸如Gene Ontology（GO）和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）等数据库。功能富集分析的重要性在于，在科研项目中，它是不可或缺的，帮助研究人员将测序数据转化为有意义的生物学洞见。这一过程不仅有助于基因的功能解析，同时为...
从我们之前的测试数据中可看到,pathview函数默认使用的Id是entrez id,从默认参数gene.idtype="entrez"可得;对于绝大多数真核生物来说,其entrez id确实等于其对应的kegg id,但是有些物种还是特例的,比如拟南芥。。。当然Pathview包给出了一些id转化方法(但我一般不用,因为我比较喜欢自己来转化);因此一般我们能拿到的...
使用enrichKEGG函数，我们可以进行深度的统计分析，将这些EntrezID转化为更易解读的Symbol。分析结果以文本文件的形式输出，其geneID即为EntrezID，通过setReadable函数轻松转换。接下来，enrichplot包就像一位精细的艺术家，能绘制出吸引眼球的barplot和dotplot，而ggplot2则负责将这些图形提升到艺术的高度，赋予...
注：1）MF和CC方法同BP,将BP改为MF,CC即可。2）可视化中，showCategory为显示的item数，scale_y_discrete则调节label过长的情况，让图片看起来 更美观。3)检查结果，可见geneID展示为gene symbol。（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE;(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可。
将humann2_genefamilies文件转化为GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)注释需要以下步骤: 1.准备文件: 1.确保你有humann2_genefamilies文件。这个文件通常包含基因或基因家族的ID和对应的描述。 2.选择一个在线工具或使用R/Python: 1.网上有许多在线工具可以为你提供GO和KEGG注释。