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提取对应物种的kegg通路内的gene #提取KEGG对于物种的gene if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("mygene") hsa_kegg <- clusterProfiler::download_KEGG("hsa") names(hsa_kegg) str(hsa_kegg) PATH2ID <- hsa_kegg$KEGGPATHID2EXT...
library(clusterProfiler)ego4<-enrichKEGG(gene=na.omit(a2$ENTREZID),organism="hsa",pvalueCutoff=1,qvalueCutoff=1)ego4@result EntrezID 转换 如何将结果中的Gene ID列转换为我们熟悉的Gene Symbol呢,可以这样处理: y<-setReadable(ego4,OrgDb=org.Hs.eg.d...
可以发现,geneID这一列是数字,如果做弦图展示基因和通路,这就很难受,显示的基因不是名称而是数字。 秉承发现问题解决问题,在网上搜索,参考两篇比较有意义的帖子,附在文末。 这里也给出我的解决方案,谢谢上述帖子作者的无私 #将ENTREZID转化为可读的gene symbol(这个就是解决方案) eKEGG <- setReadable(ekegg, ...
KEGG_result<- enrichKEGG(gene = subset(gene_enrich,change=="up")$ENTREZID, organism = organism, keyType = "ncbi-geneid", #minGSSize = 1, #maxGSSize = 500, pvalueCutoff = 0.05, pAdjustMethod = "BH", qvalueCutoff = 0.1 )
No gene can be mapped,如何解决? kegg数据库更新了,导致用原来的Y叔脚本做KEGG富集分析报错 报错信息如下: 经过查询,发现是因为KEGG数据库的API更新了,详见:https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 经过Y叔连夜修改,clusterProfiler等相关分析包已经修改了...
R语言绘制KEGG气泡图generatio,#R语言绘制KEGG气泡图是一种用于描述生物系统功能和嵌入知识的数据库。KEGG气泡图是一种常用的可视化工具,可以用于展示基因、代谢物或其他生物实体在不同分类中的丰度或数量。
gene annotationpathway mappingKAASKEGG is a database resource (http://www.genome.jp/kegg/) that provides all knowledge about genomes and their relationships to biological systems such as cells and whole organisms as well as their interactions with the environment. KEGG is categorized in terms of ...
首先,我们知道进行KEGG分析之前需要转换基因名(SYMBOL->ENTREZ),更改后的基因部分如下所示: (以上可以排除基因不存在的错误因素) 出现错误 <- enrichKEGG(gene=, organism='hsa') --> No gene can be mapped... --> Expected input gene ID: -
☞KEGG富集分析又不能做了? 当时报的错是wrong 'species' 今天又有粉丝跟小编反馈,enrichKEGG又双叒不能用了,这次报的错是No gene can be mapped。检查了一下输入,确实是entriz gene id没错。 小编自己电脑上装的是4.1版本的R,重现了这个错误。根据网络上大家的反馈,貌似要装4.2以上版本的R才能够解决这个...