AI代码解释 diff.kk<-enrichKEGG(gene=diff_geneList,organism='ath',pvalueCutoff=0.99,qvalueCutoff=0.99)kegg_diff_dt<-as.data.frame(setReadable(diff.kk,org.At.tair.db,keytype='TAIR'))up.kk<-enrichKEGG(gene=up_geneList,organism='ath',pvalueCutoff=0.99,qvalueCutoff=0.99)kegg_up_dt<-as....
ALDOC, ALDC (RefSeq) aldolase, fructose-bisphosphate C NCBI-GeneID: 230 NCBI-ProteinID: NP_005156 OMIM: 103870 HGNC: 418 Ensembl: ENSG00000109107 Pharos: P09972(Tbio) UniProt: P09972 A0A024QZ64 那么就需要一个转换,如何把kegg数据库的hsa系列id转为基因名字呢,我继续询问chatGPT,这次它给了我一...
geneID:输入的分子(经过ID转换后)与对应ID条目内分子的交集的具体的分子 ID。 Count:输入的分子(经过 ID 转换后)与对应ID条目内分子的交集总数。 柱状图: 横坐标:GeneRatio:这里是一个分数,分子是富集到这个GO条目上的gene的数目,分母是所有输入的做富集分析的gene的数目,...
library(clusterProfiler)ego4<-enrichKEGG(gene=na.omit(a2$ENTREZID),organism="hsa",pvalueCutoff=1,qvalueCutoff=1)ego4@result EntrezID 转换 如何将结果中的Gene ID列转换为我们熟悉的Gene Symbol呢,可以这样处理: y<-setReadable(ego4,OrgDb=org.Hs.eg.d...
#将ENTREZID转化为可读的gene symbol(这个就是解决方案) eKEGG <- setReadable(ekegg, OrgDb = 'org.Mm.eg.db', keyType="ENTREZID") # 使用bitr函数将基因从SYMBOL转换为ENTREZID genelist <- bitr(gene=DEG, fromType="SYMBOL", toType="ENTREZID", OrgDb='org.Mm.eg.db') genelist <- pull(...
# 1. ID转换(Ensembl -> Entrez) # --- id_map<- bitr(gene_list, fromType="ENSEMBL", toType="ENTREZID", OrgDb= org.Hs.eg.db) entrez_ids<- id_map$ENTREZID # --- # 2. GO富集分析 # --- go_res<- enrichGO( gene= gene_list, OrgDb...
访问如下网址(更改对应物种、编号即可),这将返回该通路涉及的所有人类基因(hsaXXXXX)。KEGGhsa:XXXXX这个编号通常是NCBI Entrez Gene ID,即NCBI 基因数据库中的唯一基因编号。将网页内容复制到本地。再将Entrez Gene ID转化成基因名即可。 代码语言:r https://rest.kegg.jp/link/hsa/path:hsa04151 ...
5、e Other DBs Entry, but not NCBI-GeneID.If we try to convert Z5100 to ncbi-geneid, bitr_kegg will throw error of ncbi-geneid is not supported.bitr_kegg(Z5100, fromType=kegg, toType=ncbi-geneid, organism=ece)# Error in KEGG_convert(fromType, toType, organism) :# ncbi-geneid...
将去重后的基因写入文件:`writeLines(genes, "gene_id.txt")` 第三步:结果可视化 🎨 最后一步就是可视化啦!这个步骤其实是最有趣的,可以用各种好看的图来展示你的结果。具体操作如下: 读取Entrez ID文件:`entrezid_a11 <- mapIds(org.Rn.eg.db, keys=genes, keytype="UNIPROT", column="ENTREZID")`...
如下图,进入“Annotate”,将上面转换得到的ensembl ID列表贴进去,选择相应的物种,进行run即可; 然后选择“use this file as identity input”; 然后选择注释的数据库,一般选择Gene ontology 和kegg pathway; 然后就能得到结果列表了,如下图所示。也可全部导出,如附件的KEGG、GO...