可以用python里的json包提取对应的brite层次结构,gene(包括gene id,kegg gene id,symbol)和pathway(只包含对应物种通路)信息,然后利用这个信息可以做kegg富集。当然,kegg api也可以实现这个功能,正在写😂 2019-12-25 回复2 秦露露露露露露 我直接找了一个在线网址转化成EXCEL 2022-09-07 回复喜欢...
hsa_pathways <- keggList("pathway", "hsa") %>% tibble(pathway = names(.), description = .) ###构建gene list pathways = hsa_pathways$pathway pathway.list = list() for (i in 1:length(pathways)) { pathway.list[[i]] = subset(test,pathway == paste0('path:',pathways[i]))[,2]...
参考网站 R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集 使用R进行Gene Ontology(GO)富集分析过程中如何导出某一特定GO词条下所有的基因 笨方法可以去KEGG官网复制然后分列提取 library("KEGGREST") names <- keggGet("hsa05215")[[1]]$GENE namesodd <- names[seq(0,length(names),2)] namestrue <- ...
在代谢组学或多组学研究中,我们使用最多的是其中5个:pathway(map/hsa)、ko(K)、gene(vg/vp/ag)、compound(C)、enzyme,其中pathway和ko,是一条通路的两种展现形式,由于这两个是我们使用最频繁的,因此我们针对这两个做一下重点介绍...
打开KEGG选择pathway,在搜索框前输入物种,框内填入关键词。 筛选结果显示仅有hsa04728符合我们的研究目的 二、下载hsa04728通路中的全部基因 1.安装R包KEGGREST 首次安装时电脑可能会显示与当前R语言版本不配,可以从bioconductor 的官网下载安装 if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("Bioc...
也可以看到,到目前为止(2015年12月8日20:26:57),共有343个kegg的pathway信息啦 接下来我们就把这个信息解析一下: perl -alne '{if(/^C/){/PATH:hsa(\d+)/;$kegg=$1}else{print "$kegg\t$F[1]" if /^D/ and $kegg;}}' hsa00001.keg >kegg2gene.txt ...
KEGG数据你竟然还不会下载!! 人类的kegg注释文件下载https://pan.baidu.com/s/1o7XseDG. A,B开头分别代表KEGG的分类; C开头代表代谢通路,pathway; D开头代表该通路里边的基因,其中第二列为ncbi_entrez_id和gene Symbol; 2.kegg数据库各前缀含义 参考KEGG Map基础概念(一); 1)K+num,表示在所有同源物种中...
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) is a knowledge base for systematic analysis of gene functions, linking genomic information with higher order... L Marisa,A De Reynies,A Duval,... 被引量: 646发表: 2013年 PathwayVoyager: pathway mapping using the Kyoto Encyclopedia of Genes and...
cellCycleGene <- unique(unlist(GO_DATA$PATHID2EXTID[cellCycleGO])) print(length(cellCycleGene))1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55...
...仅仅是因为R语言里面的下载文件的函数的协议需要注意,这两个函数两个下载函数(utils::download.file和 downloader::download),都太底层了。 2.6K30 使用biopython解析kegg数据库 KEGG数据库称之为基因组百科全书,是一个包含gene, pathway等多个子数据库的综合性数据库。为了更好的查询kegg数据,官方提供了对应的...