hsapathway <- downloadPathways("hsa") #只有在第一次运行这句代码时,耗时较长 ### retrieve gene sets hsa <- getGenesets(org = "hsa", db = "kegg", gene.id.type = "SYMBOL",cache = TRUE, return.type="list") ##只有在第一次运行这句代码时,耗时较长 writeGMT(hsa, gmt.file = "20230...
gene.id.type = "SYMBOL", cache = TRUE, return.type="list") #step5: Parse and write the gene sets to a flat text file in GMT format for other pathway enrichment analysis programs (e.g., GSEA): writeGMT(hsa_kegg_genesets, gmt.file = "kegg_hsa_kegg_genesets_gmt") save(hsa_kegg...
R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集 2022年09月06日新方法:R | 提取GO分类下的所有基因1 2 3 4 5 6 7 8 9 library(tidyverse) # library(org.Hs.eg.db) library(org.Mm.eg.db)GOID <- c("GO:0042573")# GOgeneID <- get(GOID, org.Hs.egGO2ALLEGS) %>% mget(org.Hs.eg...
下面我们选择出我们想要的pathway的gene list。以hsa04066为例 result = hsa_kegg_anno[hsa_kegg_anno$pathway == 'path:hsa04066', ] demo.png 最后将我们需要的数据保存下来 geneName_geneID=result[,3:4]write.table(geneName_geneID,file='filename.txt',sep='\t',row.names=FALSE,col.names=TRUE)...
《如何完成KEGG pathway分析并绘制气泡图?》 05 clusterProfiler 如果你会R语言,也可以使用clusterProfiler包进行常规的基因富集分析或GSEA,也可以结合ggplot2对分析结果进行个性化展示。 参考教程: 《如何轻松完成GO、KEGG富集分析?》 06 modEnrichr modEnrichr是一套基于gene list用于常见模式生物(human、mouse、fish、fly...
hsapathway<-downloadPathways("hsa")#只有在第一次运行这句代码时,耗时较长 ### retrieve gene sets hsa<-getGenesets(org="hsa",db="kegg",gene.id.type="SYMBOL",cache=TRUE,return.type="list")##只有在第一次运行这句代码时,耗时较长writeGMT(hsa,gmt.file="20230205_kegg_hsa.gmt") ...
convert_org = c("pathway","eco"), delete_zero_degree = TRUE, return_igraph = TRUE) gg <- ggraph(g, layout="stress") gg$data$type |> unique() #> [1] "map" "compound" "gene" gg + geom_edge_diagonal( aes(color=subtype_name, ...
Deion:基因集(pathway)描述 setSize:富集到该pathway的基因数 enrichmentScore:富集分数(ES),即GSEA的核心 NES:归一化后的Enrichment score(ES) pvalue/p.adjust/qvalues:p值/矫正后p值/FDR值 rank:在基因集中对ES分数贡献最大的核心基因在genelist排序中的位置(按照log2fc从大到小的排序) ...
点击function Annotation,之后list中在“paste a list”处复制表格里的基因名称,再在“step2 select identifier”中选择official gene symbolID ”step3 gene list“中选择gene list,所有的选择如下图所示, 点击submit list后会出现上图提醒你选择所研究物种的相关信息,这时候右侧会有实时的results,如下图所示,由于我们...
对应的API为 : http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa 内容如下: 可以看到,返回的内容一共两列,第一列为物种对应的pathway, 第二列为该pathway 对应的描述信息; 2)第二步, 获取物种对应的基因信息 对应的API 为:http://rest.kegg.jp/list/hsa ...