R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集 2022年09月06日新方法:R | 提取GO分类下的所有基因1 2 3 4 5 6 7 8 9 library(tidyverse) # library(org.Hs.eg.db) library(org.Mm.eg.db)GOID <- c("GO:0042573")# GOgeneID <- get(GOID, org.Hs.egGO2ALLEGS) %>% mget(org.Hs.eg...
下面我们选择出我们想要的pathway的gene list。以hsa04066为例 result = hsa_kegg_anno[hsa_kegg_anno$pathway == 'path:hsa04066', ] demo.png 最后将我们需要的数据保存下来 geneName_geneID=result[,3:4]write.table(geneName_geneID,file='filename.txt',sep='\t',row.names=FALSE,col.names=TRUE)...
hsapathway <- downloadPathways("hsa") #只有在第一次运行这句代码时,耗时较长 ### retrieve gene sets hsa <- getGenesets(org = "hsa", db = "kegg", gene.id.type = "SYMBOL",cache = TRUE, return.type="list") ##只有在第一次运行这句代码时,耗时较长 writeGMT(hsa, gmt.file = "20230...
参考网站 R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集 使用R进行Gene Ontology(GO)富集分析过程中如何导出某一特定GO词条下所有的基因 笨方法可以去KEGG官网复制然后分列提取 library("KEGGREST") names <- keggGet("hsa05215")[[1]]$GENE namesodd <- names[seq(0,length(names),2)] namestrue <- ...
cache = TRUE, return.type="list") #step5: Parse and write the gene sets to a flat text file in GMT format for other pathway enrichment analysis programs (e.g., GSEA): writeGMT(hsa_kegg_genesets, gmt.file = "kegg_hsa_kegg_genesets_gmt") ...
http://togows.dbcls.jp/entry/pathway/hsa00010/ 可以发现hsa00010除了gene列表,还可以提取module、drug,cpd等列表: MODULE、DRUG、GENES COMPOUND 提取modules的代码如下(大家自行对比区别,其实很简单): curl http://togows.dbcls.jp/entry/pathway/hsa00010/modules.json ...
为了完美重现原文的结果,这里仍然使用Metascape 进行KEGG pathway分析,分析对象为PPI网络第一个MCODE模块中的11个基因,详细的教程可参考《如何挖掘蛋白互作网络中的核心基因?》和《如何完成KEGG pathway分析并绘制气泡图?》两篇文章。 在分析报告页面中,点击Gene List Report Excel Sheet按钮,下载分析结果表格。
Deion:基因集(pathway)描述 setSize:富集到该pathway的基因数 enrichmentScore:富集分数(ES),即GSEA的核心 NES:归一化后的Enrichment score(ES) pvalue/p.adjust/qvalues:p值/矫正后p值/FDR值 rank:在基因集中对ES分数贡献最大的核心基因在genelist排序中的位置(按照log2fc从大到小的排序) ...
对应的API为 : http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa 内容如下: 可以看到,返回的内容一共两列,第一列为物种对应的pathway, 第二列为该pathway 对应的描述信息; 2)第二步, 获取物种对应的基因信息 对应的API 为:http://rest.kegg.jp/list/hsa ...
我们只需要提供差异基因的列表和物种对应的三字母缩写,默认基因ID为kegg gene id, 通过keyType参数指定,也可以是ncbi-geneid, ncbi-proteind, uniprot。 不同类型ID的转换也是通过KEGG API实现的,比如hsa的kegg gene id和...