mkdir gene_fasta cat all_genes.list | while read id; do wget -c http://rest.kegg.jp/get/$id/aaseq -O gene_fasta/$id; done cat gene_fasta/* > kegg_genes.fasta
Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(species) : 'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'... In addition: Warning message: In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = ...
通过 整合人类基因数据库(Genecards),基因组百科全书数据库(KEGG)等数据库获取 OSF 的作用靶点.以 OB≥30% 为条件,在中 药系统药理学技术平台(TCMSP)中筛选出槟榔可作用于靶点的化合物,并构建靶点-化合物,化合物-中药,靶点-化合物-中药网 络.运用 MOE软件的分子对接技术,分析成分-靶点结合的可能性,再利用 ...
对每个样本使用 MEGAHIT (-k-list 21,29,39,59,79,99,119,141-min-contig-len 500) 软件 进行基因组组装分析,得到对应样品的 contigs.再通过 Prokka 软件调用 Prodigal 对组装结果进行 ORF 预测. 基因预测完成后,使用 CD-HIT 对注释基因去除冗余, 选取每类中较长的作为 UniqueGene,相似性阈值设置 为 95%...
而随着人类基因组计划的实施和完成, 基因组学和各种现代生物技术以崭新的面貌呈现, 并以前所未有的速度解析多种生物规律和机理.截至 2014 年底,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)共公布了 3 511 条全基因组序列,其中细菌 3 036 条,古细菌 176 条,真核生物 299 条[1]....
B: KEGG pathway analysis. C: Molecular interactions in the METTL27 Protein List of the STRING Database. D: Five GSEA pathways identified in COAD to be associated with METTL27. 性(图 6A).K-M 分析验证了 METTL27 对临床生存的 预测,如图 6 B-C 所示,在总生存率(危险比 HR: 2.18, P<0.001...
7 COG and KEGG functional classification analysis of genes in strain CNY01 2024,40(5) 孙亚楠等 :萎缩芽孢杆菌 CNY01 的生防特性及其对玉米的抗盐促生作用 257 相关.在高盐条件下,脯氨酸作为应激渗透压保护 剂,可迅速合成与降解,进而缓解高盐压力.菌株 CNY01 全基因组中检测到 2 个长度分别为 303 bp...
使用 Hisat2 (v2.0.5)将高质量序列与 Tifrunner[11]的参考基因 组进行匹配.根据 CUI 等[12]方法对 DEG(差异表达 基因),GO(基因本体)和 KEGG 进行分析.通过 TBtools 实现基因表达的可视化[13].在 50%的样本中 选择 FPKM>5 的基因进行加权基因共表达网络分析 ( weighted gene co-expression network ...
Kegg Sophie Harris Tony Woollard James Potter Tony Lewis (10th) / Jonathan Tunnell (11th) Basses 1st - Chris Laurence Stacey Watton Steve Mair Richard Pryce Steve McManus Steve Williams Roger Linley Steve Rossell Flute/Piccolo Karen Jones (ex 11th 2-5 = Eliza Marshall) 25 Flute Helen Keen ...
(https://www.mzcloud. org/),mzVault 和 Masslist 数据库进行比对,用 blank 样本去除背景离子,并对定量结果进行归一 化,最后得到数据的鉴定和定量结果.正离子模式 和负离子模式下的代谢产物根据目标代谢物筛选后 4536 中国农业科学 56 卷表 2 基因引物序列 Table 2 Primer sequence of genes 基因 Gene 引物...