mkdir gene_fasta cat all_genes.list | while read id; do wget -c http://rest.kegg.jp/get/$id/aaseq -O gene_fasta/$id; done cat gene_fasta/* > kegg_genes.fasta
Error in download.KEGG.Path(species) : 'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'... In addition: Warning message: In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) : URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathw...
到达并作用于脂肪细胞 和脂肪组织,影响脂肪组织代谢[25].(3)肠道微生 2021,37(5) A 邱小宇等 :无菌猪和普通猪早期脂肪发育及脂肪组织基因转录表达的差异 KEGG pathway 63 Rich factor B KEGG pathway Rich factor A :下调基因的 KEGG 分析 ;B :上调基因的 KEGG 分析 A :KEGG analysis of the down-...
通过 整合人类基因数据库(Genecards),基因组百科全书数据库(KEGG)等数据库获取 OSF 的作用靶点.以 OB≥30% 为条件,在中 药系统药理学技术平台(TCMSP)中筛选出槟榔可作用于靶点的化合物,并构建靶点-化合物,化合物-中药,靶点-化合物-中药网 络.运用 MOE软件的分子对接技术,分析成分-靶点结合的可能性,再利用 ...
Li, M. Jiang et al., "Prediction and analysis of retinoblastoma related genes through gene ontology and KEGG," BioMed Research International, vol. 2013, Article ID 304029, 8 pages, 2013.Li Z, Li BQ, Jiang M, Chen L, Zhang J, Liu L and Huang T: Prediction and analysis of ...
(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)中最丰富的差异表达基 因(DEG)途径 ;在脂质组水平上,鉴定的 126 种 差异表达的脂质种类,在几乎所有研究的突变体中 也显示出相同的上调 / 下调模式.因此,重离子辐 射微生物后可能通过调节脂质或者脂肪酸成分的含 量来应对重离子辐射引起的损伤.目前脂质组学也 ...
Analysis of the Red Globe grape VvARF18 promoter, heterologous expression, endogenous hormone content and its expression in response to hormones was made in order to explore the mechanism of VvARF18 gene in the auxin (IAA) signaling pathway and flower bud differentiation process in Red Globe ...
图 4 miR-3193甲基化与临床特征的关系 2.5 GO 富集分析及 KEGG 通路富集分析 结合 生物过程,细胞成分和分子功能(见表 2).KEGG分 GO和 KEGG分析,取得差异表达基因相关的生物过 析结果显示,差异表达基因在多种细胞信号通路中显 程和细胞信号通路的全面视图.GO术语包括 3类: 著富集(见表 3). 表 2 差异基因...
2.5.3 KEGG 富集通路分析 图 5 展示了各比较组的 差异显著的代谢通路(P<0.05).对于 MS 猪,在 MS_13.5N-vs-MS_9N 中发现的差异代谢物显著富集 在脂肪酸生物合成,脂肪酸降解,脂肪酸代谢等通路; 在 MS_18N-vs-MS_9N 比较组中,不饱和脂肪酸的生 物合成是差异代谢物主要富集的通路;在 MS_22.5N- vs-...
tion from the strain 7-2H 数据库 Database Uniprot Pfam Refseq Nr Tigrfam GO KEGG COG 基因数量 Gene number 3 081 4 501 5 087 3 014 5 127 2 961 2 663 2 107 基因注释比例 Gene annotation ratio/% 58.12 84.91 95.96 56.86 96.72 55.86 50.24 39.75 图 9 菌株 7-2H 的基因组圈图 Fig. 9...