mkdir gene_fasta cat all_genes.list | while read id; do wget -c http://rest.kegg.jp/get/$id/aaseq -O gene_fasta/$id; done cat gene_fasta/* > kegg_genes.fasta
Error in download.KEGG.Path(species) : 'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'... In addition: Warning message: In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) : URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathw...
Differential analysis of Uniport proteins China Swine Industry 9 遗传繁殖 Genetics and Breeding A 2024 年第 6 期 B 图 5 KEGG 代谢途径差异分析 Fig.5 Analysis of KEGG metabolic pathway differences 注:A. KEGG 代谢通路相对丰度图;B. KEGG 代谢通路差异分析 Note: A. Relative abundance diagram of ...
B: KEGG pathway analysis. C: Molecular interactions in the METTL27 Protein List of the STRING Database. D: Five GSEA pathways identified in COAD to be associated with METTL27. 性(图 6A).K-M 分析验证了 METTL27 对临床生存的 预测,如图 6 B-C 所示,在总生存率(危险比 HR: 2.18, P<0.001...
通过 整合人类基因数据库(Genecards),基因组百科全书数据库(KEGG)等数据库获取 OSF 的作用靶点.以 OB≥30% 为条件,在中 药系统药理学技术平台(TCMSP)中筛选出槟榔可作用于靶点的化合物,并构建靶点-化合物,化合物-中药,靶点-化合物-中药网 络.运用 MOE软件的分子对接技术,分析成分-靶点结合的可能性,再利用 ...
(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)中最丰富的差异表达基 因(DEG)途径 ;在脂质组水平上,鉴定的 126 种 差异表达的脂质种类,在几乎所有研究的突变体中 也显示出相同的上调 / 下调模式.因此,重离子辐 射微生物后可能通过调节脂质或者脂肪酸成分的含 量来应对重离子辐射引起的损伤.目前脂质组学也 ...
tion from the strain 7-2H 数据库 Database Uniprot Pfam Refseq Nr Tigrfam GO KEGG COG 基因数量 Gene number 3 081 4 501 5 087 3 014 5 127 2 961 2 663 2 107 基因注释比例 Gene annotation ratio/% 58.12 84.91 95.96 56.86 96.72 55.86 50.24 39.75 图 9 菌株 7-2H 的基因组圈图 Fig. 9...
( oligosaccharide biosynthetic process).KEGG 通路富集显示,与一穴 五粒种植相比较,单粒精播花生根系中上调基因富集 在苯丙素生物合成(phenylpropanoid biosynthesis), MAPK 信号途径(MAPK signaling pathway),植物- 病原体互作(plant-pathogen interaction),下调基因主 要富集在淀粉和蔗糖代谢 ( starch and sucrose ...
2.5.3 KEGG 富集通路分析 图 5 展示了各比较组的 差异显著的代谢通路(P<0.05).对于 MS 猪,在 MS_13.5N-vs-MS_9N 中发现的差异代谢物显著富集 在脂肪酸生物合成,脂肪酸降解,脂肪酸代谢等通路; 在 MS_18N-vs-MS_9N 比较组中,不饱和脂肪酸的生 物合成是差异代谢物主要富集的通路;在 MS_22.5N- vs-...
(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/genelist/) 对 差异表达 mRNAs 进行 GO,KEGG 和反应途径的富集分析 ,[33] 以调整后 P 值 (Q 值 )< 0.05 为条件,筛选出富集显著的 GO 组织 / 器官特异性表达 PPI 网络的构建与分 miRNA 预测 (ENCORI 基因 (BioGPS) 的鉴定 析 (15 个核心基因 ) miRDB,miRTarbase,...