GENES数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列；更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系 保守的子通路等信息；KEGG的另一个数据库LIGAND，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。•通过与世界上其它一些大型生物信息学数据库的连接，KEGG...
GENES database 通过从其他的数据库(如NCBI)收集所有物种的基因信息 (如下表[2]),主要包含物种名称(organism name)、基因名称(gene name)、功能描述(functional description)、通路分类层级 (functional hierarchy)、染色体位置(chromosomal position)、密码子使用频率(codon usage)、氨基酸序列(amino acid sequence)和核...
KEGG PATHWAY Database(代谢通路数据库); KEGG BRITE Database(分层分类数据库); KEGG GENES Database(基因数据库); KEGG GENOME Database(基因组数据库); KEGG LIGAND Database(配体数据库); KEGG EXPRESSION Database(基因芯片数据库); 基因关系可靠,但注释率不高(收录的信息都是有文献支持的); 存在三级结构...
常用的如:常用的如:n基因数据库基因数据库(GENES database)、n通路数据库通路数据库(PATHWAY database)、n配体化学反应数据库配体化学反应数据库(LIGAND database)、n序列相似性数据库序列相似性数据库(SSDB)、n基因表达数据库基因表达数据库(EXPRESSION)、n蛋白分子相互关系数据库蛋白分子相互关系数据库(BRITE)KEGG...
KEGG GENOME Database:该数据库中收集了5203中物种(429eukaryotes, 4511 bacteria, 263 archaea)的基因组信息,这些物种都已经具有完整的基因组序列,并根据大量的EST数据集进行了增补。 2.6 KEGG GENES Database KEGG GENES 数据库的几点说明: 1.KEGG GENES是所有已知全基因组序列的基因目录的集合。这些全基因组信息...
KEGG PATHWAY Database(代谢通路数据库) KEGG GENES Database(基因数据库) KEGG LIGAND Database(配体数据库) KEGG PATHWAY数据库是一个手工画的代谢通路的集合,包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络:PATHWAY的五种类型:map 对于通路在中,一个表示一个基因、这个基因编码的酶及这个酶参加的kec -Reference pathw...
3)Enter KEGG GENES database file to be searched 默认即可 4)Enter your email address 填写你的邮件(提交任务后,需要从邮箱确认,结果也将会发送到邮箱) 5)提交任务,并从个人邮箱确认 提交序列之后,KEGG将会发送邮件确认。 2、邮箱确认 KEGG会给你发邮件(就是你提交序列的时候留下的邮箱号),让你确认是否进行...
KEGG需要各类各样的计算工具用来保护基因数据库(GENES database),尤其是从GenBank中提取信息和对基因功能的系统化说明。网络注释工具和其他运算机工具一路用来分派EC号,ortholog识 别符,归并文献中的新的实验证据,而且对以通路结构为基础的推断做出说明。Ortholog识别号能够作为查找工具,自动比较通路基因组和基因产物的基...
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个用于基因功能系统分析的数据库,将基因组信息与更有序的生物功能信息联系起来。 基因组的所有信息储存在GENES数据库中,它包含了所有完整测序的基因组和一些实时更新的部分测序基因组。 更有序的生物功能信息储存在PATHWAY数据库中,其中包括了生物过程的图形表现形式...