KEGG富集分析是一种生物信息学方法,旨在识别在特定条件下显著富集的生物通路。这种方法基于集成了多种生物信息的KEGG数据库,通过一系列的
生物过程(Biological Process, BP),如细胞分化、DNA复制。📈 KEGG富集分析 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库资源。KEGG富集分析可以帮助我们理解差异基因在特定代谢途径或信号转导网络中的参与情况。0 0 发表评论 发表 作者最近动态 爱画画的小李头 2024...
🌐 探索KEGG通路 KEGG PATHWAY是一个基于文献和先验知识的代谢通路网络,揭示了分子间相互作用、反应和关系网络。📚 KEGG PATHWAY数据库内容 KEGG PATHWAY数据库涵盖了生物体生命活动的各个代谢通路,包括: 碳水化合物、氨基酸、维生素等物质的代谢 转录、翻译、折叠、降解等过程 膜运输、信号转导、信号分子相互作用 运...
如果是我们基迪奥客户可以直接在Omicsmart网站上,选择目标代谢集分析进行MetPA分析,切换KEGG和SMPDB数据库结果查看。MetPA具体原理和分析方法可以参考往期推文《多类型功能富集助力代谢研究锁定重要通路》。 图3 基迪奥Omicsmart网站上,可以直接进行KEGG和SMPDB的MetPA分析,支持切换查看对比,表格勾选通路绘图。 方法四 MSEA富...
01 何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 02 何为GO和KEGG?
通过KEGG富集分析,研究人员可以更深入地理解基因组数据中的生物学信息,发现潜在的生物学过程和机制,为进一步的研究和实验设计提供重要参考。 获取途径 首先,输入科易云平台官网(http://www.researcheasy.cn),进入平台登录(新用户直接注册即可),完成登录后在菜单栏选择云工具选项,点进去后往下滑可以看到有很多的工具可以...
首先看看更新前KEGG富集分析结果(clusterProfiler版本‘4.9.0.2’) packageVersion("clusterProfiler")#[1]‘4.9.0.2’ Enrichment_KEGG <- enrichKEGG(gene = ID_entrez$ENTREZID, organism = "hsa", pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.05, pAdjustMethod = "BH", minGSSize = 10, maxGSSize = 5000)...
除此之外,我们也可以直接选择查看感兴趣的pathway map,如果目的基因文件包含差异基因信息也会在KEGG富集分析的pathway map上体现,如下图,红色表示上调,绿色表示下调。 在网络图编辑窗口中,我们可以对网络图的结点、边进行个性化调整,如下图,比如我们可以对网络图边和节点的样式进行调整。
本期内容将以KEGG富集分析举例来说明:1)富集分析的概念 2)富集分析的原理和 3)富集分析结果可视化。 What is Enrichment Analysis? 富集分析(Enrichment Analysis)是一种用于分析高通量实验数据的方法,通常用于理解基因集合或其他生物学实体在给定实验条件下的功能、通路或特定生物学过程的富集程度。富集分析的目标是确定...