在差异分析板块,可以在差异GO富集、差异KEGG富集分析子页面看到默认的富集分析流程结果,如下图,以GO富集分析为例,主要包括6种不同形式的图表和下方对应的富集分析结果表格。注:KEGG富集分析为7种,多了一种通路网络图。 对于图表下方的数据列表,我们可以勾选感兴趣的GO term,这样上方的图表仅以勾选的数据进行绘制。...
KEGG下属4个大类和17和子数据库,而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway,专门存储不同物种中基因通路的信息,也是用的最多的一个,所以,久而久之,KEGG就被大家当做是一个通路数据库了。以下图为例,我们分别用GO的三大分类和KEGG Pathway中的实例向大家展示GO和KEGG在各自数据库中本来的样子。 03 如何做功能富集分析...
这里以KEGG基因通路富集分析为例(代谢物也是一样的),假设你已经获得某实验样本中对照组和处理组中的差异表达基因。分析之前,你还需要准备富集分析的背景文件,白话一点就是KEGG数据库文件,文件里有KEGG中的所有通路信息,以及通路中包含的基因信息。 如何准备背景文件? 背景文件跟实验样本所属的物种有关,一些常见的生物...
#使用online KEGG 注释信息; kegg<- enrichKEGG(genelist2, organism = 'hsa', keyType= 'kegg', pvalueCutoff= 0.05, pAdjustMethod= 'BH', qvalueCutoff= 0.2, use_internal_data= F) #查看kegg富集结果; kegg_result<-kegg@result head(kegg_result[c(-2,-8)]) #绘制气泡图; p3<-dotplot(kegg...
二、差异表达基因的KEGG富集分析 对于无参考数据库的物种而言,因为没有现成的基因功能注释信息(这是最让人难受的),首先需要使用基因序列与kobas公开的的kegg蛋白序列进行blast比对,然后进行注释。 对于差异表达基因的获得,常见方法如limma、edgeR、DESeq2等。自定义阈值筛选后,即可获得一串差异表达基因的名称列表。将得到...
6. KEGG富集分析 把基因型的ID后面加上“-01”,并且把g变为t rap_id<-paste0(geneid,"-01") rap_id<-gsub("g","t",rap_id) head(rap_id) 富集分析: geneid=read.csv("a1.txt",header=F)$V1 rap_id<-paste0(geneid,"-01") rap_id<-gsub("g","t",rap_id) head(rap_id) kegg<...
相比于富集分析条形图,富集分析气泡图可展示的数据维度更多,比如横坐标对应富集因子,气泡的大小对应富集到的目的基因数,气泡的颜色对应Qvalue的对数值。 除此之外,我们也可以直接选择查看感兴趣的pathway map,如果目的基因文件包含差异基因信息也会在KEGG富集分析的pathway map上体现,如下图,红色表示上调,绿色表示下调。
KEGG数据库:除了对基因本身功能的注释,我们也知道基因会参与人体的各个通路,基于人体通路而形成的数据库就是通路相关的数据库。 一、DAVID网站做富集分析 DAVID官网:https://david.ncifcrf.gov/ 第一步:点击红框部分 第二步:按要求上传DEGs 第三步:勾选需要的富集分析结果 ...
这一次,介绍一下如何根据注释的基因,进行富集分析,主要是看一下GWAS定位的基因有没有某一个趋势,也算是一种验证的方法。比如籽粒大小找到的30个候选基因,如果都与籽粒发育相关的生化途径一致,那就说明找到的都是相关的基因。 之前用于注释基因需要的gff文件: ...
没有富集分析数据,可以使用平台KEGG\GO\Reactome\DO富集分析、GSEA工具进行分析;如果想基于富集分析数据绘图进行可视化,也可以使用富集圈图、富集气泡图等工具! OmicShare云平台链接:https://www.omicshare.com/tools/ 成为OmicShare 年会员即可无限次免费使用工具; ...