KEGG下属4个大类和17和子数据库,而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway,专门存储不同物种中基因通路的信息,也是用的最多的一个,所以,久而久之,KEGG就被大家当做是一个通路数据库了。以下图为例,我们分别用GO的三大分类和KEGG Pathway中的实例向大家展示GO和KEGG在各自数据库中本来的样子。 03 如何做功能富集分析...
KEGG是一个数据库资源,提供了关于细胞代谢、生物合成、疾病等过程的详细信息。KEGG富集分析可以帮助我们理解差异基因在已知的代谢和信号转导通路中的位置和作用。 结果图解读📈 图1:GO barplot(GO条形图) 图2:GO dotplot(GO点图) 图3:GO circ(GO环形图) 图4:KEGG barplot(KEGG条形图) 图5:KEGG dotplot(K...
单基因GO+KEGG富集分析 2)共表达,找到与候选基因共表达的其他基因,然和再拿这些基因去做富集分析。当然这里的共表达可以用最朴素的相关性值来衡量,比如相关系数>0.8或者<-0.8。当然也可以使用更高级一点的WGCNA分析,找个候选基因的共表达模块,然后把整个模块中的基因拿去做富集分析。 基于GEO数据的WGCNA分析 接下来...
KEGG是一个集成了基因组、化学和生物系统信息的综合性数据库,它提供了关于基因、生化过程、代谢途径和生物网络等方面的丰富信息。通过KEGG富集分析,研究人员可以分析特定基因集合在生化过程中的富集程度,揭示这些基因在特定生物学过程中的作用和相互关系。这种方法有助于深入了解基因...
KEGG通路富集分析方法与GO富集相似,也是通过Fisher精确检验来分析各个通路的显著性水平,从而确定受到显著影响的代谢和信号转导途径。📊 富集结果解释及可视化调整 富集结果可以用气泡图、柱形图、聚类图、网络图等多种方式呈现。纵坐标表示pathway名称,横坐标表示pathway对应的Pvalue值。Rich factor的大小用点的颜色来...
6. KEGG富集分析 把基因型的ID后面加上“-01”,并且把g变为t rap_id<-paste0(geneid,"-01") rap_id<-gsub("g","t",rap_id) head(rap_id) 富集分析: geneid=read.csv("a1.txt",header=F)$V1 rap_id<-paste0(geneid,"-01") rap_id<-gsub("g","t",rap_id) head(rap_id)kegg<-...
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库:一种通路数据库,收集了很多通路相关的数据库。 实现功能:GOKEGG 富集分析,深入了解基因参与的生物过程和功能,为进一步的实验设计提供有力支持。在实际应用中,可以使用许多开源软件和在线工具来执行 GO/KEGG 富集分析。 阈值设置:GOKEGG常用的筛选标准p.adj<0.05...
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析是指通过分析基因在代谢途径或信号通路中的分布,来确定这些基因是否在特定的生物途径中富集。KEGG富集分析的过程如下: 1. 确定研究背景基因集,通常是对应物种的整个基因组。 2. 从实验数据中筛选出差异表达基因。 3. 将差异表达基因映射到KEGG数据库中的通路。
③ kegg:输入的 KEGG 富集分析结果。 ④ title = '':去除标题,你可以自定义标题。 ⑤ color = 'p.adjust':条形图的颜色依据 p 值调整。 ⑥ showCategory = 15:显示前 15 个富集通路。 ⑦ font.size = 12:条目字体大小设置为 12。 ⑧ scale_y_discrete(labels = function(y) stringr::str_wrap(y...