分子是富集到这个GO条目上的gene的数目,分母是所有输入的做富集分析的gene的数目,可以是差异表达分析得到的geneBgRatio:BackgroundRatio.这里也是一个分数,分母是人的所有编码蛋白的基因中有GO注释的gene的数目,这里是19623个,分子是这19623个gene中注释到这个GO条目上面的gene的数目pvalue:富集的p值p.adjust...
富集分析软件有很多,cytoscape的clueGO,关注于植物的agriGO,还有华大的weGO等,各有所长,不一一列举。 问题:不同平台出来的结果为什么不一致呢? 可能原因:1,默认富集算法不一样,2,使用的go/kegg数据库版本不一样;3,用于基因symbol转换的库也可能不一样(这个频繁更新)。 个人建议解决方案:是富集的它在所有软件中都...
RNA-seq中,对差异表达基因进行GO富集分析,采用topGO软件包实现有向无环图,展示差异基因富集的GO term及其层级关系,从上至下所定义的功能范围越来越具体。 对BP、CC、MF三大类各取富集程度最高的前10位作为DAG图主节点(方框表示),通过包含关系(is_a和part_of)将相...
RNA-seq中,对差异表达基因进行GO富集分析,采用topGO软件包实现有向无环图,展示差异基因富集的GO term及其层级关系,从上至下所定义的功能范围越来越具体。 对BP、CC、MF三大类各取富集程度最高的前10位作为DAG图主节点(方框表示),通过包含关系(is_a和part_of)将相关联的GO term一起展示,颜色越深代表富集程度...
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term下的所有有注释基因数。
p-value: 表示该术语在你的基因或蛋白质列表中富集程度的显著性。经常会有校正后的p-value,如FDR或Bonferroni校正。 Count: 在你的基因或蛋白质列表中与该GO术语关联的基因数。 %: 这是你列表中关联到该GO术语的基因的百分比。 二、KEGG 通路分析
后面的富集分析,一般只做GO分析,KEGG pathway 分析,最多再做一个DO分析,公司一般用的是已经成熟的database,这就导致数据分析不完全,而且公司用的数据库很多时候都已经过时了,所以我们需要自己学会做下游的富集分析。 GO分析的理论知识 what is Gene Ontology(GO)? 基因"本体论" ...
手把手教你看富集分析结果之GO富集 GO和KEGG富集分析作为差异基因富集分析的双生花,从基因功能和通路分析两个侧重点解读差异基因的生物学功能,是数据解读的两大重要工具。 上次我们从认识KEGG信号通路图里的常见符号,数字以及图标的颜色三个方面介绍了KEGG信号通路图的基础知识(手把手教你看KEGG通路图!),使我们能读懂...
KEGG数据库:除了对基因本身功能的注释,我们也知道基因会参与人体的各个通路,基于人体通路而形成的数据库就是通路相关的数据库。 一、DAVID网站做富集分析 DAVID官网:https://david.ncifcrf.gov/ 第一步:点击红框部分 第二步:按要求上传DEGs 第三步:勾选需要的富集分析结果 ...
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term下的所有有注释基因数。