KEGG/GO富集分析在方法学上均属于过表达分析(Over Representation Analysis,ORA),是最常使用的富集分析方法之一。ORA以fisher精确检验(一种超几何分布检验)为代表,需要目标基因集(对什么基因集进行富集分析),通常是差异基因,当然也可以是其他目标基因集,比如上期我们分享的时序分析聚类基因、多个组学联合筛选的候选基因集...
第一我们之前总是说一个函数,多组GO分析(例如:Clusterprofile多分组富集分析及可视化),但是没有说过KEGG,有小伙伴去做的时候出错,其实参数里面选择KEGG,设置对就可以进行这个分析。第二个问题是有小伙伴发来图让复现,是富集结果的展示,乍一看很复杂,既是网络图,又是多组的,其实很简单,clusterProfiler多组富集分析和...
第一我们之前总是说一个函数,多组GO分析(例如:Clusterprofile多分组富集分析及可视化),但是没有说过KEGG,有小伙伴去做的时候出错,其实参数里面选择KEGG,设置对就可以进行这个分析。第二个问题是有小伙伴发来图让复现,是富集结果的展示,乍一看很复杂,既是网络图,又是多组的,其实很简单,clusterProfiler多组富集分析和...
在富集到通路后就要进行可视化展示了,参见clusterprofiler说明书Introduction | Biomedical Knowledge Mining using GOSemSim and clusterProfiler (yulab-smu.top),其中enrichplot包可以对富集结果进行超级丰富的可视化。 下面就来总结介绍一下clusterprofiler说明书介绍的各种富集结果可视化方法,其中4.1pathview 只针对KEGG, 4.2...
富集分析条形图可以实现~,且支持KEGG\GO\DO\Reactome类型绘图。 链接: https://www.omicshare.com/tools/home/report/enrich_bar 没有富集分析数据,可以使用平台KEGG\GO\Reactome\DO富集分析、GSEA工具进行分析;如果想基于富集分析数据绘图进行可视化,也可以使用富集圈图、富集气泡图等工具!
网络药理学-Part 3-GO与KEGG 富集分析(Metascape与DAVID数据使用收集数据) 14:05 网络药理学-Part 4-R语言绘制VENN图(疾病与成分交集靶点的韦恩图) 10:08 网络药理学-Part 4-R语言绘制GO与KEGG富集分析柱状与气泡图(ggplot进行GO与KEGG可视化分析) 16:07 网络药理学-Part5-pymol的基础使用教程(认识pymol...
3. 利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集 有了上一步所得上下调差异基因的entrez ID,我们就可以利用clusterProfiler包的enrichKEGG()和enrichGO()函数进行富集分析了。在这里仅示范对上调基因进行富集,实际应用中可以将上下调和合并的基因都分别进行富集查看结果。需要注意以下事项: ...
研究领域涉及机器学习,芯片数据分析,测序数据分析,miRNA靶基因预测 课程概述 评论(2) 苹果手机用户请尽量使用电脑端购买,以免增加不必要的费用。 GO和KEGG介绍,R语言进行GO和KEGG富集分析,四种不同的风格对结果进行可视化第一期:GO介绍,GO富集分析结果解读,4种风格GO富集分析图如何看第二期:R做GO富集分析第三期:R...
KEGG能做出4种图 GO,KEGG,shiny优势主要是能动态的改变富集分析图的一些值,物种更多,能动态预览图片,文件,使用者可能会对GO,KEGG有更深的认识。 后续,因为没有对所有的情况一一验证,所以可能有很多bug,我会注意修改,然后准备添加GSEA富集分析的模块,增加更多的图的类型,并且使每一个图能改变的参数更多等等。
GO富集分析结果跟KEGG富集分析结果最大的区别在于，KEGG只有一种类型，所以富集出的结果可以不加区分的在...