KEGG/GO富集分析在方法学上均属于过表达分析(Over Representation Analysis,ORA),是最常使用的富集分析方法之一。ORA以fisher精确检验(一种超几何分布检验)为代表,需要目标基因集(对什么基因集进行富集分析),通常是差异基因,当然也可以是其他目标基因集,比如上期我们分享的时序分析聚类基因、多个组学联合筛选的候选基因集...
第一我们之前总是说一个函数,多组GO分析(例如:Clusterprofile多分组富集分析及可视化),但是没有说过KEGG,有小伙伴去做的时候出错,其实参数里面选择KEGG,设置对就可以进行这个分析。第二个问题是有小伙伴发来图让复现,是富集结果的展示,乍一看很复杂,既是网络图,又是多组的,其实很简单,clusterProfiler多组富集分析和...
第一我们之前总是说一个函数,多组GO分析(例如:Clusterprofile多分组富集分析及可视化),但是没有说过KEGG,有小伙伴去做的时候出错,其实参数里面选择KEGG,设置对就可以进行这个分析。第二个问题是有小伙伴发来图让复现,是富集结果的展示,乍一看很复杂,既是网络图,又是多组的,其实很简单,clusterProfiler多组富集分析和...
OmicShare GO富集分析引用量 01 kegg富集分析 KEGG是有关Pathway的主要公共数据库。OmicShare tools富集分析以KEGG Pathway为单位,应用超几何检验,找出与整个基因组背景相比,在差异表达基因中显著性富集的Pathway。 不但支持基因功能富集分析,更可进行代谢组数据的功能富集分析;且出图结果非常丰富,一次运行,即可得kegg map...
承接上节:RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查,以及RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 本节概览:1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot do...
研究领域涉及机器学习,芯片数据分析,测序数据分析,miRNA靶基因预测 课程概述 评论(2) 苹果手机用户请尽量使用电脑端购买,以免增加不必要的费用。 GO和KEGG介绍,R语言进行GO和KEGG富集分析,四种不同的风格对结果进行可视化第一期:GO介绍,GO富集分析结果解读,4种风格GO富集分析图如何看第二期:R做GO富集分析第三期:R...
网站上做富集分析的界面 插件上的GO富集分析柱状图 对比下方的网站的分析,因为横坐标不同,我的是count,用颜色来表示padjust网站上的是Enrichment score,用长度来表示padjust,殊途同归,我也可以多加一个类似网站的富集分析柱状图。 网站的GO富集分析柱状图 ...
研究领域涉及机器学习,芯片数据分析,测序数据分析,miRNA靶基因预测 课程概述 评论(2) 苹果手机用户请尽量使用电脑端购买,以免增加不必要的费用。 GO和KEGG介绍,R语言进行GO和KEGG富集分析,四种不同的风格对结果进行可视化第一期:GO介绍,GO富集分析结果解读,4种风格GO富集分析图如何看第二期:R做GO富集分析第三期:R...
功能富集也是组学分析中经常用到的,而一般见到的都是柱状图的可视化方式,这样显得平平无奇。而很多高分文章都采用个性化的方式呈现结果,让文章“档次”也提高了,接下来,跟着发表在NatureCommunications和Cell上的两篇高分文章的脚步,看看GO、KEGG等结果的可视化能够呈现怎样的新花样。
# 富集气泡图 # BiocManager::install("openxlsx") library(ggplot2)#这个是一个非常厉害的绘图R包 library(openxlsx)#这个包是用来导入格式为XLSX的数据的 goinput <- read.xlsx("go-barplot.xlsx")#载入GO富集分析的结果文件 # 这里强调一下富集后的GeneRatio是以n/n这种形式的,需要换成小数形式,在excel中...