接下来,进入另一个重头戏! 双端测序(Paired-end sequencing),这就是 Illumina 测序的另一个核心技术啦! 与单端测序不同,双端测序是从 DNA 或 RNA 样本的两端进行测序,从而获得更多的信息和更高的测序覆盖度。 简单来讲就是,一根链除了从正向读一遍,还要从负向再读一遍,这样是不是就可以把测序的有效长度增加...
测序完成后即可得到Reverse read序列。 前面介绍的都是paired-end的测序,而single-end测序方式是只将index,sequencing primer binding site以及P7/P5添加到 fragamented DNA片段的一端,另一端直接连上P5/P7,将片段固定在Flowcell上桥式PCR生成DNA簇,然后单端测序读取序列 illumina的官方视频: http://v.youku.com/v...
接下来,进入另一个重头戏! 双端测序(Paired-end sequencing),这就是 Illumina 测序的另一个核心技术啦! 与单端测序不同,双端测序是从 DNA 或 RNA 样本的两端进行测序,从而获得更多的信息和更高的测序覆盖度。 简单来讲就是,一根链除了从正向读一遍,还要从负向再读一遍,这样是不是就可以把测序的有效长度增加...
测序完成后即可得到Reverse read序列。 前面介绍的都是paired-end的测序,而single-end测序方式是只将index,sequencing primer binding site以及P7/P5添加到 fragamented DNA片段的一端,另一端直接连上P5/P7,将片段固定在Flowcell上桥式PCR生成DNA簇,然后单端测序读取序列 illumina的官方视频: http://v.youku.com/v...
关于index，也叫barcodes，因为⼀个lane可以同时测多个样品，为了避免混淆样品的read products，每种样品的DNA由⼀种index修饰，这样测序得到的reads都是具有index标记的，在测序结果中，依据之前标签与样品的对应关系，就可以获得对应样品的数据。⽽这⾥的index1和index2是为了区分paired-end测序得到的双端reads。
pairedend方法是指在构建待测dna文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点在第一轮测序完成后去除第一轮测序的模板链用对读测序模块pairedendmodule引导互补链在原位置再生和扩增以达到第二轮测序所用的模板量进行第二轮互补链的合成测序图2 illumina的mate-pairpaired-endandsingleread 以solexa为例,对单端测序(...
下图是接头的一般结构,呈"Y"字型.index1和index2也是不同的,与P5相连的是index2,与P7相连的是index1.这里的index1和index2是为了区分paired-end测序得到的双端reads. 请注意测序引物和PCR扩增结合位点是不一样的 还有一点就是Rd2sq到底是怎么用的呢?当我们将rd2的引物结合后,可以发现接下来就可以...
4、Paired-end sequencing(即对Reverse strand测序) (1)洗脱index2测序产物后,以Flow cell上的P5’为引物,Forward strand为模板进行桥式扩增,得到双链 (2)NAOH使双链变性为单链,并洗去已经测序完成的Forward strand (3)类似的,read primer2结合到靠近P7’的read primer bi...
Paired-end测序已经是现在的主流,它提高了测序长度的同时,又可以为结构变异分析提供新方法。要完成双末端测序,首先要将模板链3’去保护,模板折叠,index片段引入 在聚合酶参与下形成双链桥 然后变性,恢复为单链。注意,这次是将正向链切除并洗去,只留下反向链 ...
以solexa为例,对单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和Mate-pair)进行介绍。Single-read、Paired-end和Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。 单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flow cell上生成DNA簇,...