答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。 " 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
bamCoverage -e 170 -bs 10 -b ap2_chip_rep1_2_sorted.bam -o ap2_chip_rep1_2.bw # ap2_chip_rep1_2_sorted.bam是前期比对得到的BAM文件 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse进行可视化。 这里的参数仅使用了-e/--extendReads和-bs/--binSize即拓展了原来的read长度,且设置分箱的大小。其他参数...
bam和peak之后都可IGV可视化 一、windows的IGV安装及使用方法(略) 二、bam和bai文件导入无图问题 因为sam转为bam过程中没有加-h这个参数。输入文件要求:sort过、有index、包括header信息的bam文件 samtools view -Sbh...才行。 day21中的脚本命令:samtools view -@ 5 -Sbh ...
ChIP-Seq数据分析笔记 1.数据预处理(FastQC分析和Trimmomatic处理) 以一套已经发表的拟南芥C2H2转录结合因子的ChIP-Seq数据练习: 数据来源:https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-GEOD-60011/samples/ 将这套数据下载到本地后,再通过FileZilla传到服务器中相应的文件夹: ...
2、CHip-seq数据查看 然后我们可以加载我们的样本数据,可以从Load from file...加载电脑本地文件;(此次演示使用了官方示例文件) 加载好数据后,会在工作区显示每个样本的代表组蛋白修饰信号强度的条形图。可以通过下拉列表选择其中一个染色体单独来看,或双击基因组标尺上的染色体号来看其中某个个染色体,all代表所有的...
IGV(Integrative Genomics Viewer交互式基因组浏览器)是一个强大的基因组可视化工具,可以交互式的查看大多数的基因组相关数据,并且支持多种NGS测序数据类型。 IGV可展示测序数据包括: WGS/WES; WGBS; RNA-seq; ChIP-seq; ATAC-seq; ChIA-PET; ... IGV目前...
IGV(Integrative Genomics Viewer交互式基因组浏览器)是一个强大的基因组可视化工具,可以交互式的查看大多数的基因组相关数据,并且支持多种NGS测序数据类型。 IGV可展示测序数据包括: WGS/WES; WGBS; RNA-seq; ChIP-seq; ATAC-seq; ChIA-PET; ... IGV目前...
Save Image”功能，以矢量格式保存图像。总结 IGV为基因组数据可视化提供了强大的支持，通过合理的文件导入、定位与图像美化，可轻松创建专业级的图表。如需更高效的服务，爱基百客生物提供ChIP-seq/DAP-seq/ATAC-seq/CUT&Tag等全套技术服务，包括可视化文件生成和指定基因的可视化绘图，欢迎联系咨询。