答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
bamCoverage -e 170 -bs 10 -b ap2_chip_rep1_2_sorted.bam -o ap2_chip_rep1_2.bw # ap2_chip_rep1_2_sorted.bam是前期比对得到的BAM文件 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse进行可视化。 这里的参数仅使用了-e/--extendReads和-bs/--binSize即拓展了原来的read长度,且设置分箱的大小。其他参数...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
用deeeptools里的bamCoverage把bam转成bw格式。bam文件需要先做好index,就是有bai文件。转换也挺耗时的。 project=/data/zds209/ChIP-seqtest ls $project | if [ ! -d bw ]; then mkdir -p $project/bw; # if no bw dir,then make the dir fi ls $project/bam/*.bam | while read id do file...
Save Image”功能，以矢量格式保存图像。总结 IGV为基因组数据可视化提供了强大的支持，通过合理的文件导入、定位与图像美化，可轻松创建专业级的图表。如需更高效的服务，爱基百客生物提供ChIP-seq/DAP-seq/ATAC-seq/CUT&Tag等全套技术服务，包括可视化文件生成和指定基因的可视化绘图，欢迎联系咨询。
本次分享一个Python基因组数据可视化工具figeno。 figeno擅长可视化三代long reads、跨区域基因组断点视图(multi-regions across genomic breakpoints)、表观组数据(HiC、ATAC-seq和ChIP-seq等)可视化、WGS中的CNV和SV可视化等。 figeno部分功能优秀于老牌工具如IGV,详细对比如下, ...
2、CHip-seq数据查看 然后我们可以加载我们的样本数据,可以从Load from file...加载电脑本地文件;(此次演示使用了官方示例文件) 加载好数据后,会在工作区显示每个样本的代表组蛋白修饰信号强度的条形图。可以通过下拉列表选择其中一个染色体单独来看,或双击基因组标尺上的染色体号来看其中某个个染色体,all代表所有的...
IGV(Integrative Genomics Viewer交互式基因组浏览器)是一个强大的基因组可视化工具,可以交互式的查看大多数的基因组相关数据,并且支持多种NGS测序数据类型。 IGV可展示测序数据包括: WGS/WES; WGBS; RNA-seq; ChIP-seq; ATAC-seq; ChIA-PET; ... IGV目前...
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测序数据可视化 (二)- IGV IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器,支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式,如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。 新版的WindowsIGV分发包中包含了Java运行环境,点击链接http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/IGV_Win...