IGV的使用 第一步:IGV安装上IGV官网,下载对应电脑系统的程序,按照提示安装即可。下载链接:https://igv.org/doc/desktop/#DownloadPage/第二步:IGV使用首先,导入基因组。从IGV导航栏里的Genomes >> Load Genome from File进入; 接着,导入注释文件。从导航栏里的File >> Load from File进入; 当然,你也可以选择...
结果与细胞内c-di-AMP水平一致,表明dasR缺失导致DisA DAC活性增加两倍(图4d)。因此,结合c-di-AMP诱导DasR-DNA结合变构激活的观察结果,综合数据揭示了细胞内c-di-AMP池的自反馈循环工作模型。 图4:DasR和GlcNAc影响S. erythraea中c-di-AMP合成。 (5)c-di-AMP 和 DasR 之间的变构调节在 S. coelicolor 中保...
图3:c-di-AMP在体内刺激DasR介导对其目标调控子抑制。 peak中心和转录起始位点(TSSs)±3kb处的ChIP-seq信号密度热图。红色表示信号低,蓝色表示信号高。特定菌株中的ChIP-seq信号。特定菌株中disA启动子区域的ChIP-seq信号IGV轨迹图。网络中上调靶基因富集的GO和KEGG分析。在液体TSB培养基中生长的S. erythraea WT、...
与WT对照相比,OdisA菌株中约99% peaks表现出在DasR靶标启动子处ChIP-seq peaks高度增强,证实OdisA菌株中占有率升高(图3b)。总体而言,通过可视化和验证在高c-di-AMP水平暴露下相关基因的代表性结果,展示个别基因水平上ChIP-seq peaks值变化(图3c)。对增强结合信号基因进行GO和KEGG通路分析,表明在抗生素生物合成过程、...
图:水稻雄性减数分裂细胞的H3K4me3和H3K27me3表征。 (a)LCNChIP-seq实验流程图。 (b)H3K4me3、H3K27me3、H3K4me3/H3K27me3(称为H3K4-K27me3)可重复peaks和交集部分Venn图。 (c)H3K4me3和H3K27me3的可重复peaks IGV图。 (d)T...
(E) FoxO1结合启动子区域中基因的维恩图以及细胞迁移、增殖和周期的DEG。 (F) RT-qPCR检测FoxO1的36个潜在结合靶标的表达,并稳定敲低FoxO1及其对照细胞。 (G-H) 在FoxO1的高表达或敲低后检测到SMC4的mRNA和蛋白质水平。 (I) FoxO1与SMC4启动子序列结合的IGV图。
图3:c-di-AMP在体内刺激DasR介导对其目标调控子抑制。 peak中心和转录起始位点(TSSs)±3kb处的ChIP-seq信号密度热图。红色表示信号低,蓝色表示信号高。 特定菌株中的ChIP-seq信号。 特定菌株中disA启动子区域的ChIP-seq信号IGV轨迹图。 网络中上调靶基因富集的GO和KEGG分析。
图:水稻雄性减数分裂细胞的H3K4me3和H3K27me3表征。 (a)LCNChIP-seq实验流程图。 (b)H3K4me3、H3K27me3、H3K4me3/H3K27me3(称为H3K4-K27me3)可重复peaks和交集部分Venn图。 (c)H3K4me3和H3K27me3的可重复peaks IGV图。 (d)TSS-TTS不同表达水平的所有基因的标准ChIP-seq reads数分析(FPKM值:高、中、...
(I) FoxO1与SMC4启动子序列结合的IGV图。 (J) JASPAR数据库预测了SMC4启动子区域中潜在的FoxO1结合位点和motif。 (K) ChIP-qPCR验证SMC4启动子处FoxO1的富集水平。 (L) SMC4启动子荧光素酶报告基因示意图。 (M) 转染FoxO1过表达或对照质粒后,检测到SMC4-WT、SMC4-MUT或SMC4-TRU结合位点的荧光素酶活性。
第一步:IGV安装 上IGV官网,下载对应电脑系统的程序,按照提示安装即可。下载链接:https://igv.org/doc/desktop/#DownloadPage/ 第二步:IGV使用 首先,导入基因组。从IGV导航栏里的Genomes >> Load Genome from File进入; 接着,导入注释文件。从导航栏里的File >> Load from File进入; ...