第一步:IGV安装上IGV官网,下载对应电脑系统的程序,按照提示安装即可。下载链接:https://igv.org/doc/desktop/#DownloadPage/第二步:IGV使用首先,导入基因组。从IGV导航栏里的Genomes >> Load Genome from File进入; 接着,导入注释文件。从导航栏里的File >> Load from File进入; 当然,你也可以选择创建一个gen...
# ap2_chip_rep1_2_sorted.bam是前期比对得到的BAM文件 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse进行可视化。 这里的参数仅使用了-e/--extendReads和-bs/--binSize即拓展了原来的read长度,且设置分箱的大小。其他参数还有 --filterRNAstrand {forward, reverse}: 仅统计指定正链或负链 --region/-r CHR:START:EN...
IGV也可以看bed——这是和control进行对照以后,算出来的peak的位置。 而bdg文件很难用IGV打开,需要用IGVtools转成tdf格式。
四、IGV可视化: 一、chip-seq的原理: (1)ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序)是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的高通量测序技术;可视作染色体免疫共沉淀技术与二代测序技术的结合;ChIP可用于检测某种特异蛋白或某种特异蛋白修饰在某个基因组区域的相对丰度,可用来回答涉及蛋白质和染色质相互作用的问题; (2)ChIP用来...
第一步:IGV安装 上IGV官网,下载对应电脑系统的程序,按照提示安装即可。下载链接:https://igv.org/doc/desktop/#DownloadPage/ 第二步:IGV使用 首先,导入基因组。从IGV导航栏里的Genomes >> Load Genome from File进入; 接着,导入注释文件。从导航栏里的File >> Load from File进入; ...
特定菌株中disA启动子区域的ChIP-seq信号IGV轨迹图。网络中上调靶基因富集的GO和KEGG分析。在液体TSB培养基中生长的S. erythraea WT、OdisA、ΔdasR和ΔdasR::disA菌株在晚期指数生长期(48h)的特定基因转录水平。倍数变化表示与WT菌株相比的转录水平。数据以平均值±标准差的形式呈现,实验设置3个生物学重复。使用...
特定菌株中disA启动子区域的ChIP-seq信号IGV轨迹图。 网络中上调靶基因富集的GO和KEGG分析。 在液体TSB培养基中生长的S. erythraea WT、OdisA、ΔdasR和ΔdasR::disA菌株在晚期指数生长期(48h)的特定基因转录水平。倍数变化表示与WT菌株相比的转录水平。数据以平均值±标准差的形式呈现,实验设置3个生物学重复。使用...
每个peak的测序情况可视化(IGV,sushi) 测序reads在全基因组各个染色体的分布(Chromosome ideograms) reads相对基因位置分布统计 peaks相对基因位置分布统计 reads在基因组位置分布统计(染色体分开作图) peaks在基因组位置分布统计(染色体分开作图) 统计peaks在各种基因组区域(基因上下游,5,3端UTR,启动子,内含子,外显子,...
特定菌株中disA启动子区域的ChIP-seq信号IGV轨迹图。 网络中上调靶基因富集的GO和KEGG分析。 在液体TSB培养基中生长的S. erythraea WT、OdisA、ΔdasR和ΔdasR::disA菌株在晚期指数生长期(48h)的特定基因转录水平。倍数变化表示与WT菌株相比的转录水平。数据以平均值±标准差的形式呈现,实验设置3个生物学重复。使用...
4)IGV可视化展示了PIF7及bHLH60蛋白与光信号通路相关marker基因的共结合分布情况。 5)qRT-PCR定量检测显示,pif7和bhlh48∗bhlh60双突变体中PAR1、ATHB-4、PIL1、IAA20、HAT2和HAT4的表达在荫蔽处理后下降,验证了蛋白的转录激活功能。 上述结果表明P...