peak中心和转录起始位点(TSSs)±3kb处的ChIP-seq信号密度热图。红色表示信号低,蓝色表示信号高。 特定菌株中的ChIP-seq信号。 特定菌株中disA启动子区域的ChIP-seq信号IGV轨迹图。 网络中上调靶基因富集的GO和KEGG分析。 在液体TSB培养基中生长的S. erythraea WT、OdisA、ΔdasR和ΔdasR::disA菌株在晚期指数生长期...
IGV的使用 第一步:IGV安装上IGV官网,下载对应电脑系统的程序,按照提示安装即可。下载链接:https://igv.org/doc/desktop/#DownloadPage/第二步:IGV使用首先,导入基因组。从IGV导航栏里的Genomes >> Load Genome from File进入; 接着,导入注释文件。从导航栏里的File >> Load from File进入; 当然,你也可以选择...
peak中心和转录起始位点(TSSs)±3kb处的ChIP-seq信号密度热图。红色表示信号低,蓝色表示信号高。特定菌株中的ChIP-seq信号。特定菌株中disA启动子区域的ChIP-seq信号IGV轨迹图。网络中上调靶基因富集的GO和KEGG分析。在液体TSB培养基中生长的S. erythraea WT、OdisA、ΔdasR和ΔdasR::disA菌株在晚期指数生长期(48h)...
peak中心和转录起始位点(TSSs)±3kb处的ChIP-seq信号密度热图。红色表示信号低,蓝色表示信号高。 特定菌株中的ChIP-seq信号。 特定菌株中disA启动子区域的ChIP-seq信号IGV轨迹图。 网络中上调靶基因富集的GO和KEGG分析。 在液体TSB培养基中生长的S. erythraea WT、OdisA、ΔdasR和ΔdasR::disA菌株在晚期指数生长期...
图:水稻雄性减数分裂细胞的H3K4me3和H3K27me3表征。 (a)LCNChIP-seq实验流程图。 (b)H3K4me3、H3K27me3、H3K4me3/H3K27me3(称为H3K4-K27me3)可重复peaks和交集部分Venn图。 (c)H3K4me3和H3K27me3的可重复peaks IGV图。 (d)T...
(I) FoxO1与SMC4启动子序列结合的IGV图。 (J) JASPAR数据库预测了SMC4启动子区域中潜在的FoxO1结合位点和motif。 (K) ChIP-qPCR验证SMC4启动子处FoxO1的富集水平。 (L) SMC4启动子荧光素酶报告基因示意图。 (M) 转染FoxO1过表达或对照质粒后,检测到SMC4-WT、SMC4-MUT或SMC4-TRU结合位点的荧光素酶活性。
图2:不同水稻组织的RNA-seq数据主成分分析(PCA)(HHZ:水稻品种Huanghuazh) 图3: 9个转录因子中H3K4me3和H3K27me3的富集IGV图 图4: H3K4me3 peaks的长度分布Barlpot图。 黑色虚线代表所有peaks平均长度,红色虚线代表较宽H3K4me3 peak阈值 图5:H3K4me3基因GO富集分析 ...
图3:c-di-AMP在体内刺激DasR介导对其目标调控子抑制。 peak中心和转录起始位点(TSSs)±3kb处的ChIP-seq信号密度热图。红色表示信号低,蓝色表示信号高。 特定菌株中的ChIP-seq信号。 特定菌株中disA启动子区域的ChIP-seq信号IGV轨迹图。 网络中上调靶基因富集的GO和KEGG分析。
(I) FoxO1与SMC4启动子序列结合的IGV图。 (J) JASPAR数据库预测了SMC4启动子区域中潜在的FoxO1结合位点和motif。 (K) ChIP-qPCR验证SMC4启动子处FoxO1的富集水平。 (L) SMC4启动子荧光素酶报告基因示意图。 (M) 转染FoxO1过表达或对照质粒后,检测到SMC4-WT、SMC4-MUT或SMC4-TRU结合位点的荧光素酶活性。
ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并酶切该区域,这样在测序之后,来自于染色质开放区的reads也会较非染色质开放区的reads多,形成peak。 IGV基础知识 在掌握上面这些基础知识之后,就用来到今天的重点,怎么画这幅图?如果你有生信基础和环境,推荐你用R包Gviz。如果你没有生信基础,那就给你推荐...