THE HUMAN PROTEIN ATLAS,简称HPA,分为Cell,Tissue和Pathology三个版块,分别展示了蛋白在细胞、正常组织和癌变组织中的表达情况。 我以ITGB6为例,实操如何不做实验产数据。 打开https://www.proteinatlas.org/,在搜索框中输入ITGB6,点击search 点击图中绿色的Cell,进入该版块。 此版块分5个栏目,分别介绍了ITGB6的...
The Human Protein Atlas(HPA)是一个提供近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息的数据库,可免费查询。 定义与概述 The Human Protein Atlas(简称HPA)是一个由瑞典Knut & Alice Wallenberg基金会于2003年创建的综合性数据库。该数据库的核心目标是提供涵盖全部24000多种人类蛋...
首先打开https://www.proteinatlas.org/,在搜索框中输入vimentin,点击search: 界面的第一栏即为要查询的目的蛋白vimentin,我们分别以Cell,Tissue和Pathology三个版块为顺序浏览。 版块一:CELL 点击图中绿色的Cell,进入该版块。此版块分5个栏目,即CELL ALTAS, RNA EXPRESSION, HUMAN CELLS, GENE/PROTEIN和ANTIBODIES A...
CELL type Atlas:跟Tissue Atlas前面类似,存在general information, Human protein atlas information, single cell types以及single cell tissue。另外也可以查阅在细胞系中表达情况。 Pathology Atlas:前面类似,包含general information, Human protein atlas information,增加了免疫组化信息,如数据可靠性,证据等级及相关抗体。
Recently, we have set-up an animal cell factory using CHO cells with the aim to produce full-length proteins representing all the 2,000 secreted proteins encoded in human genome. The Human Protein Atlas program has already contributed to several thousands of publications in the field of human ...
在CELL部分,我们可以看到这个蛋白在细胞当中的什么部位表达,通过蛋白的表达位置来确定这个蛋白可能具有的功能。 3. 癌症当中的表达情况 在这个部分,数据库汇总了TCGA当中这个基因在RNA-seq当中的表达情况以及数据库自己做的在一部分肿瘤组织当中免疫组化的情况。另外对于基因和预后的关系,这个数据库也分析了TCGA当中预后...
The Human Protein Atlaswww.proteinatlas.org/learn/dictionary/cell 数据存在样本不均衡的问题(训练集中的某些标签的数量极少): 评价指标 macrof1=mean(2∗recall∗precisionrecall+precision) 1.fastai探索(18.12.3-18.12.5) 这一阶段主要收获是:sigmoid函数会造成训练无法收敛。 参加这场比赛是因为在看fas...
The Human Protein Atlaswww.proteinatlas.org/learn/dictionary/cell 数据存在样本不均衡的问题(训练集中的某些标签的数量极少): 评价指标 macrof1=mean(2∗recall∗precisionrecall+precision) 1.fastai探索(18.12.3-18.12.5) 这一阶段主要收获是:sigmoid函数会造成训练无法收敛。
Human Protein atlas: https://www.proteinatlas.org/ Tabula Sapiens: https://tabula-sapiens-portal.ds.czbiohub.org/ UCSC Cell Browser: https://cells.ucsc.edu/ Supplementary information Supplementary Information Glossary Cell state Intermediate, hybrid or transitional state acquired by the cell types ...
Here, we present the design and analysis of the results from the competition Human Protein Atlas – Single-Cell Classification hosted on the Kaggle platform. This represents a crowd-sourced competition to develop machine learning models trained on limited annotations to label single-cell protein ...