2.在跳转的页面中,点击RNA-Seq后面的数字 3. 在新打开的页面中,点击左上角的Files 4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是STAR-Counts。我们就选择这个STAR-Counts。 你会发现STAR-Counts里面有88个文件,其中44个是Gene Expression Quantification,这是我们合并...
htseq进行counts计算的原理 HTSeq是一个Python包,主要用于从高通量测序数据(如RNA-seq或ChIP-seq)的对齐文件中计算基因或区域的reads计数。其主要原理如下: 1.读取对齐文件:HTSeq首先读取对齐文件(通常是SAM/BAM格式),其中包含了每个read的比对位置信息。 2.解析对齐信息:HTSeq解析每个read的比对信息,包括比对在...
但是htseq就谨慎很多,而且还可以挑选model,一般来说,它会把multiple mapping的reads归类到 not unique aligned里面。 而且,大家做完分析,一定要再三检查,很明显人家hisat告诉你的mapping rate高达90%以上,即使除去那15%左右的multiple mapping,你counts表达量的时候,至少也可以counts 百分之五六十吧!!! 如果出现大数量...
那么我们一般下载那种数据比较好呢? 如果是做差异分析的话,我建议采用counts ,毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数,比如edgeR和DEseq2,要求输入的为counts数。 如果是计算样品间的相关性,聚类等,那就可以采用均一化的FPKM,和FPKM-UQ。当然下载counts,之后进行标准化,也是可以的。 所以,一般下载counts会比较...
Transcriptome HTSeq CountsMarla, Sandeep RShiva, SunithaWelti, RuthLiu, SanzhenBurke, John JMorris, Geoffrey P
DESeq2 and DEXSeq were used to model the gene and exon counts and test for differential expression and relative exon usage, respectively. After applying ... Mahmoud,Ahmed,H Quoc,... - 《Oncotarget》 被引量: 0发表: 2018年 加载更多站...
2.在跳转的页面中,点击RNA-Seq后面的数字 3. 在新打开的页面中,点击左上角的Files 4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是STAR-Counts。我们就选择这个STAR-Counts。 你会发现STAR-Counts里面有88个文件,其中44个是Gene Expression Quantification,这是我们合并...
2.在跳转的页面中,点击RNA-Seq后面的数字 3. 在新打开的页面中,点击左上角的Files 4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是STAR-Counts。我们就选择这个STAR-Counts。 你会发现STAR-Counts里面有88个文件,其中44个是Gene Expression Quantification,这是我们合并...
我们需要下载这里的sample sheet,点击Sample Sheet。下载下来的文件打开内容如下,可以看到新版TCGA的counts文件的名字不再是带有htseq.counts.gz后缀的压缩文件,变成了star_gene_counts.tsv为后缀的文本文件。 还需要下载所有的包含表达谱数据的star_gene_counts.tsv文件。点击Download, 点击下拉框中的Cart。会下载一个...
我们需要下载这里的sample sheet,点击Sample Sheet。下载下来的文件打开内容如下,可以看到新版TCGA的counts文件的名字不再是带有htseq.counts.gz后缀的压缩文件,变成了star_gene_counts.tsv为后缀的文本文件。 还需要下载所有的包含表达谱数据的star_gene_counts.tsv文件。点击Download, 点击下拉框中的Cart。会下载一个...