我们需要下载这里的sample sheet,点击Sample Sheet。下载下来的文件打开内容如下,可以看到新版TCGA的counts文件的名字不再是带有htseq.counts.gz后缀的压缩文件,变成了star_gene_counts.tsv为后缀的文本文件。 还需要下载所有的包含表达谱数据的star_gene_counts.tsv文件。点击Download, 点击下拉框中的Cart。会下载一个...
我们需要下载这里的sample sheet,点击Sample Sheet。下载下来的文件打开内容如下,可以看到新版TCGA的counts文件的名字不再是带有htseq.counts.gz后缀的压缩文件,变成了star_gene_counts.tsv为后缀的文本文件。 还需要下载所有的包含表达谱数据的star_gene_counts.tsv文件。点击Download, 点击下拉框中的Cart。会下载一个...
下载下来的文件打开内容如下,可以看到新版TCGA的counts文件的名字不再是带有htseq.counts.gz后缀的压缩文件,变成了star_gene_counts.tsv为后缀的文本文件。 还需要下载所有的包含表达谱数据的star_gene_counts.tsv文件。点击Download, 点击下拉框中的Cart。会下载一个压缩文件。 解压后会是44个文件夹 每个文件夹里面...
我们需要下载这里的sample sheet,点击Sample Sheet。下载下来的文件打开内容如下,可以看到新版TCGA的counts文件的名字不再是带有htseq.counts.gz后缀的压缩文件,变成了star_gene_counts.tsv为后缀的文本文件。 还需要下载所有的包含表达谱数据的star_gene_counts.tsv文件。点击Download, 点击下拉框中的Cart。会下载一个...
--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts --runThreadN 指定所用线程为8;--genomeDir指索引文件所在位置;--readFilesCommand指对读入文件进行的处理,这里选择zcat是指对读入文件进行解压。--readFilesIn指定输入文件,因为我们的输入文件是.gz结尾,所以需要zcat,如果这里是没有.gz结尾,也就不需要--readFilesCommand参...
我们需要下载这里的sample sheet,点击Sample Sheet。下载下来的文件打开内容如下,可以看到新版TCGA的counts文件的名字不再是带有htseq.counts.gz后缀的压缩文件,变成了star_gene_counts.tsv为后缀的文本文件。 还需要下载所有的包含表达谱数据的star_gene_counts.tsv文件。点击Download, 点击下拉框中的Cart。会下载一个...