2.在跳转的页面中,点击RNA-Seq后面的数字 3. 在新打开的页面中,点击左上角的Files 4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是STAR-Counts。我们就选择这个STAR-Counts。 你会发现STAR-Counts里面有88个文件,其中44个是Gene Expression Quantification,这是我们合并...
#导入表达谱数据LIHCdata=read.table("TCGA-LIHC.htseq_counts.tsv",header=T,sep='\t')LIHCdata[1:4,1:4]利用我们之前讲到的方法去掉ensemble ID的点号 LIHCdata1<-separate(LIHCdata,Ensembl_ID,into = c("Ensembl_ID"),sep="\\.") LIHCdata1[1:4,1:4]接下来我们需要对ID进行转换，转换的方法...
#导入表达谱数据 LIHCdata=read.table("TCGA-LIHC.htseq_counts.tsv",header=T,sep='\t') LIHCdata[1:4,1:4] 利用我们之前讲到的方法去掉ensemble ID的点号 LIHCdata1<-separate(LIHCdata,Ensembl_ID,into = c("Ensembl_ID"),sep="\\.") LIHCdata1[1:4,1:4] 接下来我们需要对ID进行转换,转换的...
#导入表达谱数据LIHCdata=read.table("TCGA-LIHC.htseq_counts.tsv",header=T,sep='\t')LIHCdata[1:4,1:4] 利用我们之前讲到的方法去掉ensemble ID的点号R语言学习系列之separate {tidyr} LIHCdata1<-separate(LIHCdata,Ensembl_ID,into= c("Ensembl_ID"),sep="\\.")LIHCdata1[1:4,1:4] 接下来...
htseq_counts.tsv" # [31] "TCGA-LIHC.htseq_counts.tsv" "TCGA-HNSC.htseq_counts.tsv" # [33] "TCGA-CESC.htseq_counts.tsv" "TCGA-READ.htseq_counts.tsv" # [35] "TCGA-PCPG.htseq_counts.tsv" "TARGET-CCSK.htseq_counts.tsv" # [37] "TCGA-SARC.htseq_counts.tsv" "TCGA-DLBC.ht...
https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.htseq_counts.tsv.gzhttps://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.htseq_counts.tsv.gz 绝大部分文件的下载地址中,网址的规律是: 代码语言:javascript ...
https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.htseq_counts.tsv.gz 绝大部分文件的下载地址中,网址的规律是: https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-疾病名称/Xena_Matrices/TCGA-疾病名称-下载文件.tsv.gz 基本思路就是定义了两个函数完成这个事。第一个函数get_name()是用来从文本...
1.https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.htseq_counts.tsv.gz 2.https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.htseq_counts.tsv.gz 3.https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.survival.tsv.gz 4.https://gdc....
cor.cut = 0.6,datatype = "HTSeq - Counts") #将预处理后的数据dataPrep2,写入新文件“LIHC_dataPrep.csv” write.csv(dataPrep2,file = "LIHC_dataPrep.csv",quote = FALSE) 这里将生成一个array-array intensity correlation(AAIC)相关性热图,如下: ...
https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.htseq_counts.tsv.gz https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.survival.tsv.gz https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.GDC_phenotype.tsv.gz ...