比如Gene Expression Quantification数据类型下workflow.type 有4种类型分别为: HTSeq - FPKM-UQ:FPKM上四分位数标准化值 HTSeq - FPKM:FPKM值/表达量值 HTSeq - Counts:原始count数 STAR - Counts 具体可在GDC官网查看 (5)legacy 这个参数主要是因为TCGA数据有两个入口可以下载,GDC Legacy Archive 和 GDC Dat...
比如Gene Expression Quantification数据类型下workflow.type 有4种类型分别为: HTSeq - FPKM-UQ:FPKM上四分位数标准化值 HTSeq - FPKM:FPKM值/表达量值 HTSeq - Counts:原始count数 STAR - Counts 具体可在GDC官网查看 (5)legacy 这个参数主要是因为TCGA数据有两个入口可以下载,GDC Legacy Archive 和 GDC Dat...
比如Gene Expression Quantification数据类型下workflow.type 有4种类型分别为: HTSeq - FPKM-UQ:FPKM上四分位数标准化值 HTSeq - FPKM:FPKM值/表达量值 HTSeq - Counts:原始count数 STAR - Counts 具体可在GDC官网查看 (5)legacy 这个参数主要是因为TCGA数据有两个入口可以下载,GDC Legacy Archive 和 GDC Dat...
#导入表达谱数据LIHCdata=read.table("TCGA-LIHC.htseq_counts.tsv",header=T,sep='\t')LIHCdata[1:4,1:4]利用我们之前讲到的方法去掉ensemble ID的点号 LIHCdata1<-separate(LIHCdata,Ensembl_ID,into = c("Ensembl_ID"),sep="\\.") LIHCdata1[1:4,1:4]接下来我们需要对ID进行转换，转换的方法...
LIHCdata=read.table("TCGA-LIHC.htseq_counts.tsv",header=T,sep='\t') LIHCdata[1:4,1:4] 利用我们之前讲到的方法去掉ensemble ID的点号 LIHCdata1<-separate(LIHCdata,Ensembl_ID,into = c("Ensembl_ID"),sep="\\.") LIHCdata1[1:4,1:4] ...
HTSeq - Counts:原始count数 STAR - Counts 具体可在GDC官网查看 (5)legacy 这个参数主要是因为TCGA数据有两个入口可以下载,GDC Legacy Archive 和 GDC Data Portal,区别主要是注释参考基因组版本不同分别是:GDC Legacy Archive(hg19和GDC Data Portal(hg38)。参数默认为FALSE,下载GDC Data Portal(hg38)。这里建...
workflow.type ="HTSeq - Counts") #再使用命令GDCdownload()下载 GDCdownload(query) 下载成功后的运行结果 > GDCdownload(query) Downloading dataforproject TCGA-LIHC GDCdownload will download424files. A total of104.380925MB Downloading as: Fri_Apr_26_00_38_40_2019.tar.gz ...
TCGA中数据类型主要有SNV(单核苷酸变异)数据、RNA-seq数据、CNV(基因拷贝数变异)数据、甲基化数据、临床数据、miRNA-seq数据,以及生物样本数据。 每个数据类型都有相应的测量工具: SNV数据有四种:SomaticSniper、MuSE Variant、VarSan2 和MuTect2; RNA-seq有三种,分别是HTSeq-Counts、HTSeq-FPKM以及HTSeq-FPKM-UQ...
HTSeq - FPKM-UQ:FPKM上四分位数标准化值 HTSeq - FPKM:FPKM值/表达量值 HTSeq - Counts:原始count数 1. 2. 3. 但现在已经更新了,只有STAR - Counts这个参数 AI检测代码解析 cancer_type="TCGA-HNSC" data_type <- "Gene Expression Quantification" ...
老师,想请教一下TCGA基因表达数据的问题,我从xena.ucsc网页上下载了基因表达数据TCGA-CESC.htseq_counts.tsv;然后发现该数据中只有Ensembl格式的基因ID ,没有SYMBOL格式的。所以接下来进行基因ID格式转换,却发现同一个SYMBOL ID对应的多个Ensembl格式的ID,想问下老师,这种情况该怎么处理?同一个SYMBOL ID所对应的多个...