过滤数据 xe2 = XenaFilter(xe, filterDatasets = "htseq_counts") xe2@datasets # [1] "TCGA-BLCA.htseq_counts.tsv" "TCGA-LUSC.htseq_counts.tsv" # [3] "TCGA-ESCA.htseq_counts.tsv" "TARGET-RT.htseq_counts.tsv" # [5] "MMRF-COMMPASS.htseq_counts.tsv" "TCGA-MESO.htseq_counts.tsv...
if(T){ download.file(url = paste0("https://gdc.xenahubs.net/download/",proj, ".htseq_counts.tsv.gz"),destfile = paste0("input/",proj,".htseq_counts.tsv.gz")) ##表达数据 download.file(url = paste0("https://gdc.xenahubs.net/download/",proj, ".GDC_phenotype.tsv.gz"),dest...
老师,想请教一下TCGA基因表达数据的问题,我从xena.ucsc网页上下载了基因表达数据TCGA-CESC.htseq_counts.tsv;然后发现该数据中只有Ensembl格式的基因ID ,没有SYMBOL格式的。所以接下来进行基因ID格式转换,却发现同一个SYMBOL ID对应的多个Ensembl格式的ID,想问下老师,这种情况该怎么处理?同一个SYMBOL ID所对应的多个...
在这里需要注意的是:由于gdc官网更新到了2.0,因此老版界面中RNA- Workflow Type: HTSeq - FPKM-UQ选项不存在了,推测原因为老版的.txt文件可以只单独地导出FPKM-UQ数据,而在新版的.tsv文件中将unstranded、stranded_first 、stranded_second、 tpm_unstranded 、 fpkm_unstranded 和fpkm_uq_unstranded全部合并在了...
https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.htseq_counts.tsv.gz 绝大部分文件的下载地址中,网址的规律是: https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-疾病名称/Xena_Matrices/TCGA-疾病名称-下载文件.tsv.gz 基本思路就是定义了两个函数完成这个事。第一个函数get_name()是用来从文本...
1.https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.htseq_counts.tsv.gz 2.https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.htseq_counts.tsv.gz 3.https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.survival.tsv.gz 4.https://gdc....
https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.htseq_counts.tsv.gzhttps://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.htseq_counts.tsv.gz 绝大部分文件的下载地址中,网址的规律是: 代码语言:javascript ...
看规律es/TCGA-LAML.htseq_counts.tsv.gz ownload/TCGA-ACC/Xena_ 3、Matrices/TCGA-ACC.htseq_count s.tsv.gz Matrices/TCGA-LAML.survival.tsv.gz download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.GDC_phen otype.tsv.gz na_Matrices/TCGA-ACC.mirna.tsv.gz download/TCGA-BRCA/Xena_Matrices/TCGA-BRCA....
看规律 1. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGALAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.htseq_counts.tsv.gz 2. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGAACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.htseq_counts.tsv.gz 3. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGALAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.survival.tsv.gz 4. https...
## setup pathway for analysis setwd(dir="D:/Rdatabase/TCGAdata/TCGA-CHOL/XENA") ## read the dataset file library(readr) TCGA_rawdata <- read_tsv("D:/Rdatabase/TCGAdata/TCGA-CHOL/XENA/TCGA-CHOL.htseq_counts.tsv.gz") ## check structure of the dataset dim(TCGA_rawdata) ☺※ all...