从TCGA - STAD数据库中的表达情况,我们还可以联想到生活中的很多事情。比如说,基因表达的动态平衡就像我们生活中的收支平衡一样重要。如果一个基因过度表达或者表达不足,就像收入和支出失衡一样,会给细胞这个小家庭带来麻烦。过度表达可能会导致资源的浪费和细胞功能的紊乱,就像一个家庭过度消费会导致经济危机一样。而...
胃癌单细胞数据集GSE163558复现(六):联合TCGA-STAD数据添加恶性评分 by 单细胞天地 分享是一种态度 前言 Hello小伙伴们大家好,我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第六期。第五期我们通过绘制饼图、堆积柱状图、气泡图等,比较不同分组之间细胞比例差异。本期,我们将...
在正式分析之前,我们先从TCGA数据库获取胃癌患者的表达数据和临床数据。 首先加载工作目录,创建新的文件夹,加载R包: rm(list=ls()) getwd() setwd("/home/data/t020505/GSE163558-GC代码公众号复现版") dir.create("6-TCGA_STAD") setwd('6-TCGA_STAD/') source('../scRNA_scripts/mycolors.R') libra...
#View(cl_df) save(cl_df,file = 'TCGA_STAD_clinical_df.Rdata')#最好保存在上一个文件夹下 load(file = 'TCGA_STAD_clinical_df.Rdata') #write.csv(cl_df,file = 'TCGA_STAD_clinical_df.csv') #write.table(cl_df,file = 'TCGA_STAD_clinical_df.txt')#推荐 ~~~ ##1.2 #临床数据整理...