3. 在新打开的页面中,点击左上角的Files 4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是STAR-Counts。我们就选择这个STAR-Counts。 你会发现STAR-Counts里面有88个文件,其中44个是Gene Expression Quantification,这是我们合并表达谱所需要的文件。剩下的44文件是Splice...
和featurecounts一样,htseq-count也是一款进行raw count定量的软件。该软件采用python语言进行开发,集成在HTseq这个包中。 对于python的包,通过pip可以方便的进行安装,代码如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 pip install HTSeq HTSeq提供了许多处理NGS数据的功能,htseq-count只是其中进行定量分析的一个模块。 hts...
4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是STAR-Counts。我们就选择这个STAR-Counts。 你会发现STAR-Counts里面有88个文件,其中44个是Gene Expression Quantification,这是我们合并表达谱所需要的文件。剩下的44文件是Splice Junction Quantification,这个主要是检测新的...
在转录分析时,如果是有参分析,一般使用htseq-count计数后是没有FPKM值的,需要我们通过公式来计算;如果是无参分析的话,使用RSEM定量会给出FPKM值和TPM值。 从公式上可看出,我们可以从htseq-count结果文件中获取每个基因上的read counts数;但后面两者参数mapped reads和exon length就需要自行提供了。 我在网上搜过不...
加上这个参数,输出文件就是排过序的bam文件;--outBAMsortingThreadN 指定bam文件排序时所用的线程;--quantMode告诉STAR在定量时所采用的模式,STAR会输出所需的文件,TranscriptomeSAM 表示输出比对到转录本的sam文件;GeneCounts输出一个记录比对到各个基因上reads数的文件。