比如转录组,之前是HTSeq流程的数据,现在是STAR-Counts的数据。具体的数据信息参考: https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/#data-release-320 下载后的数据,打开是这样的。都放在了一个文件中。 这里分享一下怎么提取数据。 数据的下载和之前的教程一样【14-TCGA数据库下载整理】。
这个结果与HTSeq的输出结果是完全一致的。所以我们如果是比对完之后未做转录本拼装,直接对已知基因(构建基因组索引时GTF中囊括的基因)进行定量时,完全不需要再次用featureCounts或HTSeq再计算reads count。 如果做了转录本拼装,对基因定量,需要HTSEQ/FEATURECOUNTS 假设我们用STAR比对后,做了转录本拼装,获得一个拼装比较...
这个结果与HTSeq的输出结果是完全一致的。所以我们如果是比对完之后未做转录本拼装,直接对已知基因(构建基因组索引时GTF中囊括的基因)进行定量时,完全不需要再次用featureCounts或HTSeq再计算reads count。 如果做了转录本拼装,对基因定量,需要HTSEQ/FEATURECOUNTS 假设我们用STAR比对后,做了转录本拼装,获得一个拼装比较...
这个结果与HTSeq的输出结果是完全一致的。所以我们如果是比对完之后未做转录本拼装,直接对已知基因(构建基因组索引时GTF中囊括的基因)进行定量时,完全不需要再次用featureCounts或HTSeq再计算reads count。 如果做了转录本拼装,对基因定量,需要HTSEQ/FEATURECOUNTS 假设我们用STAR比对后,做了转录本拼装,获得一个拼装比较...
With –quantMode GeneCounts option STAR will count number reads per gene while mapping. The counts coincide with those produced by htseq-count with default parameters.(这个参数的作用与htseq-count作用相同) 这个参数对应生成的文件是ReadsPerGene.out.tab - column 1: gene ID - column 2: cou...
FastQC Multiqc Trimmomatic STAR RSEM Subread HTSeq kallisto Deseq2 ...(conda可以安装)查看软件是否可用,及时更新;准备好文件; 2.质量控制 质量控制 ls *gz |xargs -I [] echo 'nohup fastqc [] &'>fastqc.shbash fastqc.sh Fastqc 碱基质量分布图 ...
ReadSg Sg 的readscount和导 组浏 SAM:SequenceAlignmentMapisatext-basedformatforstoringbiologicalsequencesalignedtoareferencesequence.SAM由头文件和@@头文件由一行行以@起始的注释map结果,括reads 、起始位置 column1:gene column3:countsforthe1streadstrandalignedwithRNA(htseq-countoption-syes)column4:countsfor...
Implemented --quantMode GeneCounts option for counting number of reads per gene, similar to htseq-count. STARlong: fixed --outFilterIntronMotifs and --outSAMstrandField options. Yet another fix for --sjdbOverhang logic. Error message when shared memory and on the fly junction insertion are use...
32 STAR输出的reads count文件 column 1: gene ID column 2: counts for unstranded RNA-seq column 3: counts for the 1st read strand aligned with RNA (htseq-count option -s yes) column 4: counts for the 2nd read strand aligned with RNA (htseq-count option -s ...
使用—quantMode GeneCounts参数还可以达到HTSeq的效果哦,可以帮你生成count matrix,省去你HTSeq的功夫, 有空回来做一个比对,看HTSeq和GeneCounts的效率。 2025年4月> 日一 302345 6789101112 13141516171819 20212223242526 27293023 45678