hisat2使用bowtie2类似的算法,但是运行速度有很大提高;hisat2建立index支持基因组与转录同时建立index。 RNA-seq也推荐BWA、STAR进行比对,BWA支持拼接比对(spliced alignment)。 二、建立index 1.可直接下载hisat2官网index,有基因组,基因组+SNP,基因组+SNP+转录组三种类型index文件供下载。 2.自己建立index #下载...
hisat2_mm10_genome_index/genome [1-sam] 3.hisat2比对命令: hisat2 -p 10 -x ../hisat2_grcm38_genome_index/genome -1 R1.fq -2 R2.fq -S1.sam hisat2 -p 10 -x ../hisat2_grcm38_genome_snp_tran_index/genome_snp_tran -1 R1.fq -2 R2.fq -S2.sam hisat2 -p 10 -x ....
? Repository name hisat2_index-docker ? Description ? Visibility Public ✓ Created repository adeslatt/fastqc-docker on GitHub ? Add a remote? Yes ? What should the new remote be called? origin ✓ Added remote https://github.com/adeslatt/hisat2_index-docker.git ? Would you like to ...
hisat2-build -p 8 --ss ss_wheat.txt --exon exons_wheat.txt Triticum_aestivum.IWGSC.dna.toplevel.fa IWGSC #利用hisat-build构建小麦转录组比对的索引文件, -p 8为 8线程,--ss 可变剪切文件,--exon 外显子文件,后接参考基因组,index文件前缀为IWGSC image.png 构建过程中提示提示内存不足,但是可自...
针对你提出的问题“could not locate a hisat2 index corresponding to basename "/home/lzc/r/rna_s"”,以下是根据你的提示进行的分析和解答: 确认Hisat2软件已正确安装: 首先,你需要确认Hisat2软件已经正确安装在你的系统中。可以通过在终端运行以下命令来检查Hisat2是否安装成功: bash hisat2 --version ...
The Snakemake workflow management system is a tool to create reproducible and scalable data analyses....
内存不够，histat 建立索引内存需求很大，你参考基因组3.4G，需要几百G以上的内存。
GTF有问题，你需要整理一下，缺失gene_id
HISAT2's index (HGFM) size for the human reference genome and 12.3 million common SNPs is 6.2GB. The SNPs consist of 11 million single nucleotide polymorphisms, 728,000 deletions, and 555,000 insertions. Insertions and deletions used in this index are small (usually <20bp). We plan to ...
利用hisat2来构建小麦的转录组的索引文件，服务器内存64G，构建的命令如下：构建过程中提示提示内存不足，但是可自动优化参数，构建时间全长大约为3个小时。IWGSC.1.ht2l 16M IWGSC.2.ht2l 4B（你没有看错，是4B）IWGSC.3.ht2l 12M IWGSC.4.ht2l 3.4G IWGSC.7.ht2l 25M IWGSC.8.ht2l 3....