接下来我们进行序列比对,利用的软件是Hisat2。 一.index文件下载 index文件直接去官网下载 (http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/),我测序的组织来自小鼠,所以我这里下载的是小鼠的。 下载完后上传到Linux服务器,解压后就可以直接用了。 我上传到了: /data/mouse_genome/ ,就是mm10_genome.tar....
Linux 上的下载和解压:wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/oTtGWbWjaxsQ2Ho/downloadmv download hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zipunzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zipcd hisat2-2.2.1/错误:hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required ...
一、官网下载软件及安装: https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ 在Download页面,可以看到Hisat2非常友好地提供了二进制的程序及Index(比对时的索引文件),省去了后续的一些小麻烦。 下载完后unzip进行解压,一开始报错: 原来依赖的libstdc++.so.6需要高版本的库,我没有root权限,更新的话会很麻烦,果断降版本...
hisat2使用bowtie2类似的算法,但是运行速度有很大提高;hisat2建立index支持基因组与转录同时建立index。 RNA-seq也推荐BWA、STAR进行比对,BWA支持拼接比对(spliced alignment)。 二、建立index 1.可直接下载hisat2官网index,有基因组,基因组+SNP,基因组+SNP+转录组三种类型index文件供下载。
一、官网下载软件及安装: https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ 在Download页面,可以看到Hisat2非常友好地提供了二进制的程序及Index(比对时的索引文件),省去了后续的一些小麻烦。 下载完后unzip进行解压,一开始报错: 原来依赖的libstdc++.so.6需要高版本的库,我没有root权限,更新的话会很麻烦,果断降版本...
Hisat2的安装及使用步骤如下：一、安装 官网下载：访问Hisat2的官方网站，在Download页面获取预编译的二进制程序与Index文件。解压安装：下载的文件通常为压缩包格式，直接解压即可使用，无需额外的安装步骤。解决依赖问题：如遇到依赖库libstdc++.so.6版本过低的问题，可选择下载较低版本的Hisat2以确保...
计数首先要获取gtf注释文件,注意要和hisat2的index文件的基因组版本相对应,如本次为mm10,则gtf文件也必须为mm10或grcm38。研究人和鼠推荐用gencode数据库的文件GENCODE,比较常用的还有UCSC的refGene.gtf文件,下载地址在https://hgdownload.soe.ucsc.edu/(若想下载其他gtf文件则将网址中mm10替换即可,如hg38)。
一、官网下载与安装 访问Hisat2官网(网址略)，在Download页面可直接获取预编译的二进制程序与Index文件。无需额外安装，直接解压即可。下载并解压后，可能会遇到依赖库libstdc++.so.6版本过低的问题。为避免复杂操作，可选择较低版本的Hisat2，确保成功安装。二、构建索引 Hisat2与STAR均需索引文件支持。
# 示例:构建hisat2索引 hisat2-build Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa hisat2_index 4. 验证索引构建是否成功 索引构建完成后,你应该能在指定输出目录下看到多个以.ht2为后缀的文件。这些文件共同构成了hisat2的索引。 你可以通过检查这些文件是否存在来验证索引构建是否成功: bash # 示例:检查索...
3、测序数据: 我们的代码部分具体包括4个部分哦: Step1:为参考序列构建index Step2:使用Hisat2比对 Step3:格式转换 Step4:软件查看 这就开始吧! Step1:为参考序列构建index(此处往下为收费内容,关注公众号,回复“代码”可以免费领取代码相关内容)