1.官网下载hisat2 wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hisat2-220-Linux_x86_64/download unzip download sudo vim /etc/profile export PATH=$PATH:hisat2-2.2.0的路径 #文件/etc/profile末行添加hisat2的绝对路径,保存后退出。 source /etc/profile 2.建立索引 在进行比对时,Hisat2应...
接下来我们进行序列比对,利用的软件是Hisat2。 一.index文件下载 index文件直接去官网下载 (http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/),我测序的组织来自小鼠,所以我这里下载的是小鼠的。 下载完后上传到Linux服务器,解压后就可以直接用了。 我上传到了: /data/mouse_genome/ ,就是mm10_genome.tar....
Linux 上的下载和解压:wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/oTtGWbWjaxsQ2Ho/downloadmv download hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zipunzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zipcd hisat2-2.2.1/错误:hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required ...
一、官网下载软件及安装: https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ 在Download页面,可以看到Hisat2非常友好地提供了二进制的程序及Index(比对时的索引文件),省去了后续的一些小麻烦。 下载完后unzip进行解压,一开始报错: 原来依赖的libstdc++.so.6需要高版本的库,我没有root权限,更新的话会很麻烦,果断降版本...
进入Hisat2下载界面https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/, 右键复制下载路径https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/oTtGWbWjaxsQ2Ho/download 复制下载链接 ##使用wget下载 wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/oTtGWbWjaxsQ2Ho/download ...
$ hisat2-build-p16CE10g_v2.0.fa--ssCE10g_v2.0.ss--exonCE10g_v2.0.exonCE10g_v2.0--large-index $ bsub-n16trans.sh 5. 序列比对 说明书: http://daehwankimlab.github.io/hisat2/manual/ 基础用法: $ hisat2 [options]* -x<hisat2-idx>{-1<m1>-2<m2>| -U<r>| --sra-acc<SRAac...
Hisat2官网上人类基因组索引的下载 Hisat2是现在很流行的主流比对软件,在现实生活中的mRNA-seq中,有很多时候我们需要将拿到的转录组与参考基因组进行比对 。与大多数比对软件一样,在进行比对前需要先建立参考基因组的索引,遇到比较大的参考基因组时如人类基因组,建立索引可能要耗费很长时间。 但是Hisat2为我们考虑...
1.直接下载 直接在网站http://daehwankimlab./hisat2/download/#index下载已建好的index wget -c https://genome-idx.s3./hisat/grch38_genome.tar.gz 2.自己构建index hisat2可以自己建立index文件,如果没有现成的index的话,那就得自己去建立了,这个就比较麻烦而且耗内存和时间 ...
一、官网下载与安装 访问Hisat2官网(网址略)，在Download页面可直接获取预编译的二进制程序与Index文件。无需额外安装，直接解压即可。下载并解压后，可能会遇到依赖库libstdc++.so.6版本过低的问题。为避免复杂操作，可选择较低版本的Hisat2，确保成功安装。二、构建索引 Hisat2与STAR均需索引文件支持。
除了自己建库以外,HISAT2官方网站也给出了可以直接使用的Indexes下载地址:http://ccb./software/hisat2/index.shtml。由于自己建库的时间比较长,这里笔者建议大家首选官方的Indexes。 02 假设我要用的双端测序样本为A_1_trimmed.fq和A_2_trimmed.fq,官方下载的index在grc目录下: ...